Desde muy joven estuvo prometido con su prima hermana, con quien casó, Juliana Ángela de Velasco y Aragón,[2] única hija sobreviviente del segundo matrimonio de su tío, el condestable Bernardino Fernández de Velasco, I duque de Frías, con Juana María de Aragón, hija natural reconocida del rey Fernando II de Aragónel Católico. La sucesión de la Casa de Velasco había pasado de su tío Bernardino a su padre Iñigo por falta de descendencia varonil legítima del primer duque, quien aseguró el matrimonio de su hija con el sucesor aparente de sus estados.
Dicho matrimonio le trajo numerosos problemas con su padre, quien pretendía quedarse con las importantes rentas de su sobrina, especialmente tras la muerte del rey don Fernando, quien ejerció en vida una importante protección sobre su nieta. Dichos problemas continuaron hasta la muerte del condestable Íñigo.
En 1557, el rey Felipe II agració a su tía Juliana Ángela con el título de condesa de Castilnovo, que pasó por sucesión irregular (con autorización regia) por su falta de descendencia, ocasionando numerosas disputas entre los llamados a la sucesión por cláusulas del mayorazgo y los sucesores de la casa ducal, excluidos explícitamente de su sucesión. Juliana Ángela sobrevivió a su marido, y jamás volvió a contraer matrimonio.