Su descubrimiento se basó en el estudio de los genes homeóticos, ya que los genes Hox se originaron en este clado. Ya los primeros animales adquirieron múltiples genes similares a los NK, pero es en el clado ParaHoxozoa donde se originan los genes Hox, ParaHox y EHGbox. El arrastre del código Hox en el desarrollo de los eumetazoos, pudo haber contribuido en la evolución de su complejidad morfológica y en la diversificación de los planes corporales bilaterales durante la explosión del Cámbrico.
Los análisis filogenéticos moleculares recientes han establecido los siguientes clados,[2][3][4] por lo que está establecido que los celentéreos forman un grupo parafilético.
Los ancestros de todos los parahoxozoos tenía el aspecto de un polipoide tentaculado similar a los pólipos de Anthozoa, y que estos organismos polipoides dieron origen a los placozoos (por neotenia, y reducción neuronal), a cnidarios (por adquisición de cnidocitos) y a bilaterales (por el cierre del mesodermo).[5] Otros eumetazoos como Inaria quedan fuera de ParaHoxozoa por carecer de tentáculos y faringe tubular; de hecho puede ser morfológicamente predecesor de los parahoxozoos (mediante la internización del extremo superior y el plegamiento de los tentáculos a partir de los laterales)[6] como de trilobozoos (mediante el aplanamiento superior para la alimentación por suspensión pasiva).[7]
Los parahoxozoos también tienen simetría bilateral reflejada en la división óctuple de los septos,[8] la divergencia entre Cnidaria y Bilateria ocurre por lo menos hace 680 millones de años.
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