Los primitivas tribus de los aicos, dulas y tuamo, que enfrentaron a los conquistadores españoles en el actual territorio de Ortega, pertenecían al grupo pijao, de etnia Caribe.
Después de los hechos de 1563 en Tolibio de los Pat-es de los que Diego Bocanegra sale bien librado y llevando con él a Francisco de Aguilar, soldado liberado de los de Francisco de Trejo y guía experto en estas etnias del departamento del Tolima en Colombia, busca en 1572 en Santa Fe de Bogotá apoyo para inicia una campaña y obtiene la licencia de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá para ir a pacificar los Pijaos. Usando los recursos económicos de seis mil pesos, suministrados por Isabel de Bocanegra, mujer poderosa y su hermana; marcha[3] con sesenta soldados de caballería bien apertrechados, siguiendo el curso del Río Magdalena hasta Natagaima y siguiendo el curso del río Pata o Patía límite entre los departamentos de Huila y Tolima, fortifica El Real[4] en un lugar cerca del hoy municipios de San Antonio y Ataco en un morro alto y con ochenta indios aliados los de San Vicente de Páez.
Construye Diego Bocanegra el Fuerte de Palenque, como muestra de buena voluntad del Cacica de Ata-ana, el Ata-ka, Tala, envía a doce hombres nativos para colaborar en la construcción de fuerte con el conquistador que terminado el trabajo, los mantiene cautivos. Este acto llena de ira al cacica de Ata-ana. Arremete la cacica Tala el fuerte, con tan mala suerte, que no logra doblegar al conquistador y resunta su acción en muchas bajas, días después de las escaramuzas regresa al fuerte el cacica Tala en compañía de ochenta nativos para el servicio del conquistador además de presentes y regalos, con lo cual se hace la paz. Tala aliado ahora de Diego Bocanegra entran con su gente a engrosar la nueva encomienda de él. Con esta alianza, Tala y más de quinientos de sus guerreros entran a formar parte de los ejércitos conquistadores para vencer las resistencias Pijao del Río Amo-ya por ser la mayor y más principal de estas gentes.
Marcha el conquistador desde el Fuerte del Real con un grupo compuesto por el capitán Luis de Morales, Vicente Valenzuela, el capitán Ambrosio de Morales Bocanegra y cuarenta soldados que tenía Diego Bocanegra para la conquista de los nativos de Amoya, y estableció un pueblo llamado Santiago de la Frontera siguiendo el curso del actual río Ortega cerca al hoy municipio de Ortega en el Tolima. Luego con los trabajos de él cacica de Tala se consigue la paz con los Pijao de Amoya y durante dos años se mantiene, con florecimiento del Fuerte de Santiago de la Frontera, hecho que causa envidias en encomenderos del Fuerte de San Bonifacio, que después de muchas intrigas, logran que la Real Audiencia de Santafé de Bogotá envié a Diego Bocanegra a colaborar con Gonzalo Jiménez de Quesada para la pacificación de los pijaos gualies o pantagoras, dejando el fuerte a cargo de Francisco de Donantes que la abandona para marchar en busca de fortuna al Perú, llevándose con el algunos soldados y dejando el fuerte de Santiago a cargo de Sargento Arizmendi que al verse desprotegido y realizando los Pijaos constantes escaramuzas por la disminución de las tropas conquistadoras la abandona para el año de 1575.
Para 1583 regresa a los territorios del rio Amoy al Capitán Bocanegra recuperando el fuerte de Santiago de la Frontera, al que días después llega a esta región, acompañado de sus guerreros, el Mohán de Pat-ana, de nombre Beco[5] y en minga ritual con Chequera, cacica general de los pijaos para esta acción y otros cacicas de etnias aliadas como el Pat-ka-ana o Cacica Pacharma, deciden atacar el fuerte de Santiago de la Frontera. Esta acción de guerra resulta con la disminución de ambos ejércitos y sin victoria para ninguno de los generales. Bocanegra abandona de nuevo esta fortificacíon, para ir en busca de un lugar más seguro al sur, donde toma para sí, el Fuerte del Escorial, recién abandonado por el capitán Talaverano, llamándolo: Medina de las Torres cerca del actual municipio de Chaparral en el Tolima por licencia del presidente de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá, Francisco Guillén Chaparro.
Destruida por los pijaos, Diego Bocanegra hizo una segunda fundación en la Mesa de Chaparral, con el nombre de Medina de las Torres en el año de 1586.
Debido a los ataques de la pijaos, la ciudad de Medina de las Torres desapareció, por lo que fue necesaria una tercera fundación, pero éstos la atacaron de nuevo.
República
El 30 de noviembre de 1821 el terrateniente Nicolás Ramírez, sacerdote católico, cedió 98 km² de sus heredades y sobre la cima de un cerro que hacía difícil el ataque de los indígenas, se fundó un poblado en honor del español Juan de Ortega y Carrillo.
La población de Ortega fue reconocida como parroquia en 1822 y en 1824 fue elevada a la categoría de distrito.
El 23 de mayo de 1837, durante su segundo gobierno, el Presidente de la República José Ignacio de Márquez sancionó la Ley del Congreso de la República que lo convertía en cantón de la provincia de Mariquita, compuesta por los distritos parroquiales de Chaparral y Ortega, separados del antiguo distrito parroquial de El Espinal.
La ley del 21 de febrero de 1863 le otorgó el reconocimiento de Municipio.
Geografía
División Político-Administrativa
Además de su Cabecera municipal, tiene bajo su jurisdicción los siguientes Centros poblados: El Vergel, Guaipa, Hato de Iglesia, La Mesa de Ortega, Los Guayabos y Olaya Herrera
↑«Con muchos indios amigos a su servicio dio principio a la de las provincias de su conquista sin detenerse hasta la de Natagaima » Fray Pedro Simon
↑ «Sentar su Real sobre el gran río Saldaña que desciende de ellas , por parecerle esto de puesto acomodado para corre desde allí a dar vista a toda la tierra e indios » Fray Pedro Simon
↑«Haciendo Beco como que dormia, se levanto de repente como infundido por un espiritu diabolico, dando mil saltos de placer decía haber soñado tenia de su parte la victoria y las cabezas de los capitanes en sus manos. Hicieron antes de esto sus mohanerias, ritos y ceremonias quemando leña de balsa y agorizando por las cenizas sus buenos sucesos» Fray Pedro Simon