Las operaciones encubiertas durante la guerra del Pacífico fueron las acciones de los países beligerantes destinadas a contribuir a sus objetivos que para mayor eficacia se realizaban ya sea encubriendo a los autores, los hechos o los fines. Entre ellas están la recopilación de datos sobre armamentos, contingentes, plazas fuertes, movimientos e intenciones de los enemigos. También se acumuló datos, ya sea por investigación o por exploración, sobre caminos, distancias, puertos, lugares de acceso, etc, de la zona de guerra. En Europa, USA y Centroamérica, los agentes debían realizar la compra (triangulada) de armas y encubrir el despacho adecuadamente para burlar las leyes de neutralidad de los países vendedores. Influir sobre la opinión pública a su favor y desprestigiar al enemigo, podía ser realizado a veces más efectivamente cuando no se reconocía al verdadero promotor de las noticias.

Impedir la entrega ilegal de armas a los enemigos o informar o desinformar por medios legales no requiere cobertura para su efectividad, pero develar oportunamente las triangulaciones requiere investigaciones que son más efectivas si son encubiertas.

También pueden ser consideradas parte de sus afanes, la búsqueda de interlocutores en el gobierno o la oposición en Bolivia dispuestos a buscar una paz separada de Perú.

Según Guillermo Parvex, quien tuvo acceso a documentos inéditos del Ministerio de Relaciones Exteriores, autor de "Servicio Secreto Chileno en la Guerra del Pacífico", no existía en el gobierno chileno ni en su ejército o armada un conocimiento cabal que distinguiese entre inteligencia estratégica, operacional o táctica.^[1]​^: 10 También tareas de reconocimiento y exploración usualmente realizada por unidades militares, le fueron encargadas a la organización.

Desde los comienzos de las repúblicas americanas existieron intentos de influir en la política vecinal por medio de apoyo, disimulado o público, para disidentes. Chile, que era a mediados del siglo XIX un lugar de asilo para Domingo Faustino Sarmiento, Nicolás de Piérola, Mariano Ignacio Prado y otros políticos que habían debido huir de la persecución en sus países, no era ajeno a esas maquinaciones: los casos de Quintín Quevedo^[2]​ y Ramón Freire tuvieron notorias consecuencias.

A medida que mejoraban las posibilidades de transporte y el aumentaba el interés económico en regiones hasta entonces casi desconocidas, se intensificaron las disputas limítrofes entre los países de América del Sur y los consiguientes temores de guerra a los que siguieron el interés por una visión más clara de las opciones a disposición.

Parvex sostiene que Perú no logró desarrollar un servicio secreto acorde con sus necesidades.

Dado que la estrategia militar chilena era ofensiva, su interés se extendía también a la geografía de la zona de guerra que les era desconocida.

Usualmente se distingue entre varios niveles y tipos de inteligencia y operaciones.

Este nivel de investigación es definido como^[3]​ aquella información que responde a los requerimientos de los Gobiernos Nacionales para tener una visión global de los asuntos políticos, económicos, diplomáticos y militares, es necesaria para la preparación de políticas y planes en los niveles nacional e internacional. Este es el nivel superior de la inteligencia derivada de la información obtenida sobre el área más amplia posible en respuesta a las necesidades percibidas por los gobiernos nacionales a través de todo el espectro de asuntos militares, diplomáticos, políticos y económicos nacionales e internacionales.

En este plano los chilenos realizaron operaciones de inteligencia destinados a la:

• búsqueda de información sobre el Tratado secreto entre Perú, Argentina y Bolivia: los resultados son aún controvertidos, pues si bien la existencia del pacto secreto era por lo menos supuesta en Chile, la información parece no haber sido plausible para las altas esferas de gobierno. Sergio Villalobos sostiene que diferentes fuentes asignaban diferentes interpretaciones a sus datos.
• evaluar la posibilidad de acordar con Bolivia una paz separada: con este fin viajaron a La Paz Holger Birkedal y Pedro Garré.^[1]​^: 78
• informarse sobre la situación política en Lima: Harvey informó al gobierno chileno sobre los sucesos en Lima tras la partida de Prado.^[1]​^: 113

La información que se busca en este caso es^[3]​ la requerida por los mandos para el planeamiento y dirección de las operaciones de combate: Establecer posibilidades operativas o tácticas según corresponda, determinando características, limitaciones y vulnerabilidades del enemigo. Proporcionar los antecedentes necesarios para realizar operaciones de Inteligencia en apoyo a la conducción operativa o táctica.

Los chilenos realizaron operaciones de inteligencia destinados a buscar información sobre:

• la capacidad bélica de Perú, Argentina y Bolivia: armas, naves, contingentes, moral, fortalezas fueron reportados desde los países aliados por espías chilenos y extranjeros, pero también por representantes consulares. En 1873 se buscó información sobre la capacidad naval argentina y para ello se enviaron con ese fin agentes con ese fin para recabar información, entre ellos a Arturo Prat Chacón.^[4]​ A mediados de la década de los 1870s y por poco tiempo, la Armada de Chile mantuvo una organización para la obtención de informaciones.^[1]​^: 19 Una vez desatada la guerra, los chilenos recibieron valiosos informes de empleados extranjeros como Robert Harvey Northey (Inspector general de salitreras, primero en Perú y luego en Chile), Holger Birkedal , Pedro Garré o basada en aportes, voluntarios o indiscreciones, de soldados enemigos^[1]​^: 57–59 y así muchos otros.
• la geografía de la potencial zona de guerra: puertos, lugares de desembarco, caminos, depósitos y cursos de agua, lugares de producción y almacenaje de alimentos, etc, fueron cartografiados por la Oficina hidrográfica bajo el mando de Francisco Vidal Gormaz utilizando para ello mapas anteriores, informes de viajeros y de espías. Los chilenos que habían trabajado en Perú y los chinos libertos aportaron sus conocimientos. También soldados vestidos de civil hicieron el trayecto para buscar información.^[1]​^: 90

La importancia de esta información puede ser evaluada a vista de que el 2 de noviembre de 1879 una parte de las fuerzas chilenas fue desembarcada unos pocos kilómetros al sur de Pisagua, en Caleta Junín, un lugar totalmente inadecuado. Sin resistencia, los chilenos demoraron hasta las 17:00 horas en desembarcar y llegaron a Pisagua cuando la lucha había terminado horas antes.

Diego Barros Arana consigna en su Historia de la Guerra del Pacífico, (1879-1880) que la Oficina Hidrográfica de Chile publicó entre 1879 y 1880 nueve obras sobre la geografía e infraestructura de la zona de guerra.^[5]​^{: 112–115}

• gestiones de los aliados para la compra y transporte de armas: agentes chilenos impedieron la transferencia de los acorazados franceses Solferino y La Gloire en junio de 1879^: 143, de un acorazado turco de la Clase Fethi Bulend^: 146 y en 1880 el embargo de las fragatas BAP Lima y USS Topeka (pg-35)^: 147
• armas escondidas tras la ocupación de Lima

Los aliados realizaron operaciones de inteligencia destinados a averiguar:

• itinerarios de las naves chilenas de guerra y abastecimiento, como por ejemplo las averiguaciones que llevaron a la incursión de la Unión a Punta Arenas para capturar al mercante Glenelg con un cargamento de armas para Chile.^[1]​^: 171 o que fundaron la incursión peruana que culminó con el hundimiento de la Esmeralda y el encallamiento de la Independencia el 21 de mayo de 1879.
• lugares de desembarco de tropas chilenas
• posición y desplazamiento de las tropas chilenas en la Campaña de la Sierra
• información sobre gestiones de los chilenos para la compra y transporte de armas Perú logró el embargo inglés de los cruceros Arturo Prat y Esmeralda.

Más allá, otros aspectos de un conflicto bélico implican Procedimientos no Convencionales como aquellos que por sus características requieren una alta especialización, y son necesarios para la misión de la inteligencia: Operaciones especiales (acciones encubiertas, operaciones, sabotaje, actos clandestinos, subversión), Operaciones Psicológicas.^[3]​

Ambos bandos buscaban

• comprar y transportar armas desde países neutrales burlando las leyes de neutralidad y desviando las compras a través de empresas de fachada y destinos falsos.^[1]​^{: 135–136}
• pagar a periodistas extranjeros para informar favorablemente Mario Barros describe las peripecias de los diplomáticos chilenos en los EE. UU., durante el periodo de J. Blaine, para entender, aprender y encauzar a la prensa estadounidense a su favor por medio de entrega de información a los periodistas o directamente a la opinión pública por medio de folletos, tanto en inglés como en castellano para la creciente comunidad latina en los EE. UU.^[6]​^: 443- Pascual Ahumada Moreno publicó en su recopilación algunos telegramas del consulado peruano en Panamá entre los cuales en el del 11 de julio de 1879 se solicita dinero para "subvencionar periódicos o hacer publicaciones sueltas".^[7]​^: 46
• efectuar labores de contrainteligencia como el corte del cable submarino para interrumpir las comunicaciones enemigas

Si el incendio que afectó al mercante Almvick-Castle fue fortuito u obra de sabotaje aliado, no ha sido dilucidado.^[1]​^{: 153–155} La nave transportaba a Chile material de guerra y una máquina para la fabricación de munición.

El gobierno chileno necesitaba para la realización de su política boliviana encontrar interlocutores bolivianos proclives a terminar la alianza con Perú, ayudarles a tomar el poder y negociar secretamente con ellos una alianza con Chile. Estas gestiones fueron apoyadas en Chile con la liberación de militares bolivianos prisioneros proclives a esa opción. Ya a comienzos de la guerra Joaquín Walker Martínez fue a Arequipa, por iniciativa propia, para ofrecer a Casimiro Corral el apoyo de Chile a cambio del fin de la alianza con Perú.^[8]​^: 227

Las fuentes fueron espías, lectura de la prensa enemiga y otras fuentes escritas, informes de viajeros, Interrogación de desertores y prisioneros,^{[notas 1]}​ vigilancia de las gestiones enemigas en el exterior, viajes de exploración.

Para cifrar un mensaje se reemplazaba cada letra de este por los números de la columna y la fila en que se encontraba la letra en una tabla. Esto es, en el ejemplo dado en la tabla de la izquierda, "Z" por 25, "A" por 35, etc. De esta manera, el mensaje ZARPÓ VAPOR AL SUR era enviado como 253543231334352313433532532443. Ambos bandos utilizaban este sistema. Las tablas era diferentes para cada día del mes y debían estar celosamente guardadas en una libreta de claves.^[1]​^: 179 Los chilenos pudieron, en algunos casos, descifrar los mensajes peruanos, lo que les permitió impedir despachos peruanos de material de guerra,^[1]​^{: 161, 180} o enterarse de sus intenciones.^{[cita requerida]} Estas filtraciones eran en parte conocidas por los peruanos.^[1]​^: 51

Mientras se mantuvieron las relaciones diplomáticas, los mensajes cifrados fueron enviados por las representaciones consulares respectivas. Tras las declaraciones de guerra, los espías o los agentes en países neutrales utilizaban la representación de alguna casa comercial local como un envío de importante información financiera de carácter confidencial o se enviaba con un mensajero de confianza.

Para el envío de cartas en barco, se utilizaba o bien un mensajero de la representación diplomática o algún marinero de confianza.^[1]​^: 69

Algunos miembros de los servicios secretos

Holger Birkedal

Luis Germán Astete

Adolfo Ibáñez Gutiérrez

Carlos de Piérola

Alrededor de entre setenta a cien agentes operaron secretamente para Chile durante alguna etapa de la guerra en la zona del conflicto y una cantidad semejante en Centroamérica, Estados Unidos y Europa.^[1]​^: 11 Fueron reclutados desde todas las capas sociales y nacionalidades: ingenieros, soldados, empleados, chilenos, peruanos, chinos, daneses, ingleses, etc.

Ni Perú ni Bolivia desarrollaron un servicio semejante de recopilación de informaciones en Chile y se limitaron a extraer desde los informes de prensa chilena la valiosa información que encontrasen. En los EE. UU., Centroamérica y Europa, por el contrario, Perú sí monto una eficiente estructura de trabajo.^[1]​^: 12 La situación cambió durante la Campaña de la Sierra en que las fuerzas invasoras se encontraban siempre bajo la atenta mirada de la población civil que en la mayoría de los casos le era hostil, aunque no siempre.

Según G. Parvex, hasta donde se sabe, Perú no dispuso de un servicio de inteligencia en la zona de guerra^[1]​^: 128 aunque si en Europa, EE. UU. y Centroamérica.^{[cita requerida]}

Las operaciones peruanas en Europa estaban dirigidas por Carlos de Piérola, hermano de Nicolás de Piérola, a quien apoyaban Guillermo Bogardus y Toribio Sáenz.^: 152 El incendio del mercante Almvick-Castle pudo haber sido obra de sabotaje, pero no esta probado.^[1]​^{: 153–155}

En los Estados Unidos de América, los principales agentes peruanos eran Carlos Tracy y Luis Germán Astete.^[1]​^: 161 La Casa Grace, de dueños estadounidenses, cooperó con Perú desde Nueva York a través de los agentes William Grace y Charles Flint en la compra de armas en EE. UU., su encubrimiento, su envío a través de Panamá y también en contratar técnicos para manejar modernos torpedos.^[11]​^{: 119–120, 122, 124}

Desde Lima, Joaquín Godoy Cruz informó en 1873 al entonces ministro de relaciones exteriores Adolfo Ibáñez Gutiérrez sobre la aprobación por el Congreso del Perú de un tratado secreto de alianza entre Perú y Bolivia. En el escrito se solicitó la autorización de Ibáñez para establecer redes de información y continuar las indagaciones en Perú, al mismo tiempo que se recomendaba iniciar lo mismo en Bolivia. La petición fue aprobada por el ministro, que envió a Bolivia a Carlos Walker Martínez (en su segunda misión en Bolivia), quien no tardó en crear una red de amigos y agentes a su alrededor. Pocos meses después de la advertencia de Godoy Cruz, el presidente de Chile, Federico Errázuriz Zañartu, aprobó las medidas dispuestas por su ministro y ordenó mantenerlas, aunque nunca se le dio un marco legal a la organización.^[1]​^{: 26, 265}

Es interesante notar que en sus comienzos en el año 1873, la investigación fue llevada a cabo exclusivamente por los representantes diplomáticos y consulares de Chile ad-hoc, es decir el Lima y La Paz. Luego, la organización fue conducida desde el ministerio de relaciones exteriores para luego, solo tras el Desembarco y toma de Pisagua, cuando asumió su cargo como coordinador Máximo Lira Donoso, incluir en sus operaciones más estrechamente al Ejército de Chile.

Durante un tiempo, Birkedal asumió la dirección en Perú. Una vez expulsados los ciudadanos chilenos de Perú y de Bolivia, los agentes Manuel Villarán (Arica), Lorenzo del Castillo (Lambayeque) y Baltazar Castillo (Arequipa) debieron volver a Caldera. Poco después, por temor a ser descubierto,^[1]​^: 69–70 Birkedal viajó y se quedó en Chile, donde participó, junto a Juliet en la confección de la Datos sobre los recursos i las vías de comunicación del litoral de las provincias de Chancai i de Lima por la Oficina Hidrográfica que se publicó ese año.^[12]​

Tras la ocupación de Lima, algunos agentes fueron colocados como parte del Batallón Bulnes, que tomó las tareas de policía en la ciudad, para así obtener informaciones de primera mano.

Tras la guerra se diluyeron las relaciones y experiencias ganadas. Solo cuatro décadas más tarde se formalizó en el Ejército de Chile la creación del Departamento de Reconocimiento e Información.^[1]​^: 10

• Caso de espionaje de Chile en el Perú de 2009
• Caso de espionaje de Chile en el Perú de 1979
• Tratado de Alianza Defensiva (Perú-Bolivia), tratado secreto posiblemente descubierto por el servicio secreto chileno

• Ahumada Moreno, Pascual (1886). Recopilación completa de todos los documentos oficiales, correspondencias y demás publicaciones referentes a la guerra que ha dado a luz la prensa de Chile, Perú y Bolivia, conteniendo documentos inéditos de importancia III. Valparaíso: Imprenta i Librería americana de Federico T. Lathrop. 
• Barros Arana, Diego (1881-1). Historia de la guerra del Pacífico (1879–1880) 1. Santiago, Chile: Librería Central de Servat i C^a. 
• Barros van Buren, Manuel (1958). Historia Diplomática de Chile (1541-1938). Santiago de Chile: Editorial Andrés Bello. 
• Birkedal, Holger (1884). Peru - Bolivia - Chile, Krigen i Sydamerika (en danés). Chicago, Illinois, USA: Chicago, Ill., Skandinavens boghandel. 
• Bulnes, Gonzalo (1911). Guerra del Pacífico. vol. 1: De Antofagasta a Tarapacá (PDF). Valparaíso: Sociedad Imprenta y Litografía Universo. p. 745. 
• Bulnes, Gonzalo (1919). Guerra del Pacífico. vol. 3: Ocupación del Perú - La Paz (PDF). Valparaíso: Sociedad Imprenta y Litografía Universo. p. 624. 
• Mellafe, Rafael; Pelayo, Mauricio (2016). La Guerra del Pacífico en Imágenes, Relatos y Testimonios. Quilicura: Legatum. ISBN 978-956-9242-14-4. 
• Parvex, Guillermo (2017). Servicio Secreto Chileno en la Guerra del Pacífico. Santiago de Chile: Penguin Random House. ISBN 978-956-9977-00-8. 
• Gobierno de Chile (1880). Datos sobre los recursos i las vías de comunicación del litoral de las provincias de Chancai i de Lima. Santiago de Chile: Oficina Hidrográfica.