Su apellido de nacimiento era Alancur. Profesó en el Real Monasterio de El Escorial como jerónimo el 26 de agosto de 1619. Desde entonces ejercería diversos cargos en monasterios de su orden, tanto como vicario como como prior.
En 1645, Felipe IV le nombró superintendente de las obras del Monasterio del Escorial, que en aquel momento se dirigían a concluir la obra mediante la realización del panteón real. Nicolás de Madrid tuvo un papel central en este encargo, llegando a conseguir desviar con éxito los dos cursos de agua que impedían la construcción del panteón de Reyes bajo el altar mayor como se requería.
Desde 1648 fue prior del Monasterio del Escorial, uno de los cargos más relevantes de la orden jerónima.
El 12 de marzo de 1654 se inauguró el panteón regio[1] y Nicolás fue nombrado obispo de Astorga por Felipe IV.[2] Tomó posesión de su diócesis el 20 de marzo del siguiente año.[3] Durante su obispado tuvo una gran atención pastoral y mandó construir el altar de San Jerónimo en la catedral.
A la izquierda de la puerta de entrada al Panteón de Reyes del Escorial se encuentra su retrato. Es de un pintor de la escuela madrileña del siglo XVII y cuenta con la siguiente inscripción:[5][6]
Ilustris DD. Fr. Nicolaus de Madrid. Quem Domus. hæc. Colvit. cuntis. probitate. Priorem. hic. fuit Asturiacæ. pontificale caput. Dein oxomensis litui dignatus honore ocyus ad superum tecta superstes abit ardua Pantheonis Quarto sub Rege Philippo naviter exuperans ipse peregit opus
