El caserío estaba a orillas del río Tamaná y se trasladó a la quebrada Nóvita en 1709 por la abundancia de oro. En 1739 se formó la provincia del Chocó, reuniendo las tenencias de Nóvita, Quibdó y Baudó, designándose a Nóvita como su capital. En 1813 declaró la independencia absoluta de España. El 25 de mayo de 1816 Julián Bayer, bajo las órdenes de Pablo Morillo, derrota y fusila en Nóvita al patriota Miguel Buch, gobernador de la Provincia de Santa Fe. En 1854 se trasladó el poblado al lugar que hoy ocupa, con el nombre de San Jerónimo de Nóvita.
El templo principal de la cabecera municipal es admirado por los valiosos ornamentos sagrados de oro y plata que se encuentran los cuales fueron donados por los feligreses.
La Quebrada de Máncamo, en el centro poblado San Lorenzo,
La Quebrada de las Piedras, en el centro poblado El Tambito,
La Quebrada de Arrastradero, en la vía que conduce al centro poblado El Tigre,
La Quebrada de Aguas Claras, en la vereda que lleva en mismo nombre e igual que la quebrada del Tigre,
Nóvita Viejo, el lugar donde antiguamente existió la población.
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