El museo ocupa 10.000 metros cuadrados, compuestos por dos edificios principales: uno moderno, diseñado por Mimoza Nestorova-Tomić y Kiril Muratovski en 1972[1] y el Kourchoumli An, antiguo caravasar otomano construido en el siglo XVI.
Se divide en varios departamentos:
La sección arqueológica contiene artefactos que datan de 10.000 a. C. al año 1945.
El departamento etnológico cuenta con trajes tradicionales, joyas, artesanÃa e instrumentos musicales, y alberga exposiciones temporales dedicadas a la etnografÃa local.