En octubre de 1987, Japón seleccionó el F-16 como base de diseño para sustituir el obsoleto Mitsubishi F-1. El programa del F-2 fue polémico, porque en el coste unitario se incluyen los costos del desarrollo, resultó ser 4 veces mayor que un F-16 bloque 50/52, y en el que no se incluyen los respectivos gastos de investigación y desarrollo.
El vuelo inicial del F-2 fue el 7 de octubre de 1995. Ese año el gobierno japonés aprobó una orden para 141 unidades, rápidamente reducidas a 130, para ser incorporadas al servicio antes de 1999; pero problemas estructurales dieron lugar a que la entrada del servicio fuera en el año 2000. En 2004 un nuevo recorte redujo el proyecto a 98 aparatos, incluyendo prototipos. El resultado total del programa era esencialmente un avión con el tamaño y el peso de un F-15 con solo un motor.