Según el Kojiki, de la relación de Izanagi e Izanami nacieron diversos dioses, hasta que la deidad del fuego Kagutsuchi al momento de nacer le quemó los genitales a Izanami y la hirió de muerte. Izanagi, al ver morir a su amada esposa y preso de la rabia, tomó una espada de diez palmos y asesinó a Kagutsuchi despedazándolo. Posteriormente, Izanagi fue al país de Yomi (el mundo de los muertos) a buscar a Izanami; no obstante cuando la encontró se había convertido en un cadáver putrefacto y de sus partes surgieron otros dioses, provocando la huida de Izanagi al mundo de los vivos. Luego, Izanagi procedió a realizar el misogi (ceremonia sintoísta de purificación) y al hacerlo nacieron otra cantidad variada de dioses. En este último nacieron los tres dioses más importantes del sintoísmo: Amaterasu, diosa del sol; Tsukuyomi, deidad de la luna; y Susanoo, dios del mar; y les encargó a éstos el control del mundo.
Nacimiento de los dioses
Luego de haberse creado el País de las Ocho Grandes Islas y otras más, Izanagi e Izanami decidieron dar a luz a otros dioses, entre estos los Katakurokushin (家宅六神,'Katakurokushin'?), los dioses del viento, de los árboles y praderas; todos estos de manera espontánea:
Hi-no-yagihayao (火之夜藝速男神,Hi-no-yagihayao?), conocido también como Hi-no-kagabiko (火之炫毘古神,Hi-no-kagabiko?) y Hi-no-kagutsuchi (火之迦具土神,Hi-no-kagutsuchi?)
Al nacer Kagustuchi, los genitales de Izanami fueron quemados y fue herida mortalmente. En su agonía, de sus vómitos, orina y heces también nacieron más dioses.
Luego de la agonía, Izanami murió. En ese momento Izanagi se arrastró gimiendo alrededor del cadáver y lloró su muerte, de sus lágrimas nace Nakisawame (泣沢女神,Nakisawame?).
Luego Izanagi decidió traer de vuelta a Izanami yendo al país de Yomi, que era el inframundo. Al cruzar las puertas de ese mundo, se encontró con Izanami y le dijo:
Los países que tú y yo creamos aún no han sido terminados. ¡Volvamos!
¡Lástima que no hayas venido antes, pues ya he comido en el país de Yomi!... sin embargo, voy a consultarlo con las deidades del país de Yomi ¡De ningún modo debes mirarme!
Al decir esto, Izanami entró al palacio donde moraban esos dioses. No obstante, pasaba el tiempo e Izanami no regresaba e Izanagi comenzó a desesperarse, así rompió unas de las púas de la peineta mizura que llevaba en el moño izquierdo de su cabellera y le prendió fuego para encender el lugar y decidió adentrarse al mundo de los muertos, y logra encontrar a Izanami pero al verla se sorprende que ya no poseía su belleza y se había convertido en un cadáver putrefacto y cubierto de gusanos. De su cadáver nacieron los ocho dioses del trueno (Ryūjin), que eran los siguientes:
Ohoikazuchi (大雷,Ohoikazuchi?), surgido de la cabeza de Izanami;
Honoikazuchi (火雷,Honoikazuchi?), surgido del pecho;
Kuroikazuchi (黒雷,Kuroikazuchi?), surgido del abdomen;
Sakuikazuchi (折雷,Sakuikazuchi?), surgido de los genitales;
Wakaikazuchi (若雷,Wakaikazuchi?), surgido del brazo izquierdo;
Tsuchiikazuchi (土雷,Tsuchiikazuchi?), surgido del brazo derecho;
Naruikazuchi (鳴雷,Naruikazuchi?), surgido del pie izquierdo;
Fusuikazuchi (伏雷,Fusuikazuchi?), surgido del pie derecho.
Izanagi, horrorizado, decidió regresar a casa, pero Izanami se encontraba avergonzada por su apariencia y comanda a las Yomotsushikome (黄泉醜女,Yomotsushikome? ”Mujeres horrendas del mundo de las tinieblas”) montando una persecución a Izanagi. En su huida, él tomó una guirnalda de su cabeza y la tiró al suelo convirtiéndose en un racimo de uvas. Las Yomotsushikome comenzaron a comerlas e Izanagi huyó, pero le seguían persiguiéndole, así que rompió la peineta del moño derecho de su cabellera y la tiró al suelo convirtiéndose en brotes de bambú, provocando que las Yomotsuhikome se las comieran y así pudo huir Izanagi.
No obstante, Izanami decidió lanzar a los ocho dioses del tureno y a mil quinientos guerreros del país de Yomi para continuar con la persecución. Izanagi desenvaina su espada de diez palmos y blande con ella, para continuar con la huida. Como le seguían persiguiendo, al llegar a Yomotsu-hirasaka (黄泉比良坂,Yomotsu-hirasaka?), la pendiente que desciende de la tierra de los vivos a Yomi, Izanagi tomó tres melocotones de un árbol que había crecido en aquel lugar y les golpeó con ellos y todos los que le perseguían huyeron.
Así, Izanagi comentó:
Socorred a todas las personas cuando estén cansadas y se hallen en dificultades
Dichos melocotones recibieron el nombre de Ohokamuzumi-no-mikoto (意富加牟豆美命,Ohokamuzumi-no-mikoto?)
Finalmente, Izanami fue quien montó persecución a Izanagi, pero él levantó una roca que mil hombres no podrían transportar para bloquear la pendiente y la colocó. En ese instante, ambos se cruzaron sus miradas por última vez.
Izanami dijo:
¡Si te comportas de este modo, estrangularé y haré morir en un solo día a un millar de hombres de tu tierra!
¡Si haces eso, levantaré en un solo día, ciertamente, mil quinientas casas de alumbramiento. Así en un solo día, ciertamente, mil hombres morirán y en un solo día, ciertamente, mil quinientos hombres nacerán!
Por estas palabras se justifica el ciclo de vida y muerte en los seres humanos. También por esta razón Izanami es llamada también como Yomotsu-ohokami (黄泉津大神,Yomotsu-ohokami?) o Chishiki-no-ohokami (道敷大神,Chishiki-no-ohokami?) y a la roca que cubre la entrada al mundo de los muertos como Chikaeshi-no-ohokami (道返之大神,Chikaeshi-no-ohokami?) o Yomido-no-ohokami (黄泉戸大神,Yomido-no-ohokami?) y que es conocido actualmente como la pendiente de Ifuya (伊賦夜坂,pendiente de Ifuya?) en Izumo, prefectura de Shimane.
Purificación de Izanagi
Al salir de Yomi, Izanagi decide eliminar todas las impurezas que hay en su cuerpo haciendo una ceremonia de purificación (misogi) que consistió en un baño en el arroyo Ahakihara en Tachibana no Ono, en el país de Tsukushi. A medida que va despojando sus ropajes y accesorios al suelo nacen las siguientes doce divinidades:
El trío conformado por Sokotsuwatatsumi, Nakatsuwatatsumi y Uhatsuwatatsumi conforman el grupo de deidades Watatsumi Sanjin, o los dioses del agua. El trío conformado por Sokotsutsunoo,
Nakatsutsunoo y Uhatsutsunoo conforman el grupo de deidades Sumiyoshi Sanjin, dioses de la pesca y del mar, cuyo tributo se le rinde en el Sumiyoshi Taisha.