Este nuevo personaje en la serie, se une al protagonista Link para enfrentarse a Zant, el usurpador del trono del Rey del Crepúsculo (ya que este afirma haber estado poseÃdo por Ganondorf), al que por sà sola no podrÃa derrotar. De forma adecuada a su naturaleza oscura, tiene un sentido del humor diabólico, juguetón y un tanto calculador y aunque al principio utiliza a Link para que le ayude con sus propios objetivos, más adelante en el juego empieza a sentir un gran cariño hacia Link.
Midna es en realidad la princesa del Reino del Crepúsculo. La Familia Real del Crepúsculo (que si bien es mencionada nunca aparece durante el juego, pues Zant los hizo prisioneros) habÃa determinado que Zant, serÃa su sucesor al trono al ser su sirviente más fiel y capaz. Pero, al rectificar y anunciar formalmente que Midna serÃa la nueva soberana, Zant contrajo una gran locura y juró lealtad a Ganondorf (su nuevo dios), quien le dio parte de sus poderes para que Zant pudiera controlar el Reino del Crepúsculo y posteriormente Hyrule para que asà Ganandorf pudiera volver al mundo de la Luz y gobernar Hyrule.
Luego Link y Midna se dirigen al único portal entre el Reino del Crepúsculo y Hyrule, conocido como el "Espejo del Crespúculo" en una antigua cámara ubicada al tope del PatÃbulo del Desierto en la mitad del Desierto Gerudo, aquà descubren que el espejo está roto, faltan 3 fragmentos de cristal y deducen que Zant habrÃa quebrado este espejo para evitar que Midna y Link vayan al Reino del Crepúsculo. Asà entonces Midna y Link se deciden a reunir los fragmentos del Espejo del Crepúsculo para ir a vencer a Zant y a la vez recuperar las Sombras Fundidas.