Vivió exiliado en Argentina y México. En este último país participó en la creación y fue director del Centro para la Innovación Tecnológica de la Universidad Nacional de México (CIT-UNAM) y director de Desarrollo Tecnológico del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt).[1] En 1989 regresó a Chile donde se incorporó como director ejecutivo del holding Invertec.
En 2005 se incorporó como profesor del Departamento de Ingeniería Industrial de la Universidad de Chile.
En el contexto de las movilizaciones sociales en Chile que cuestionaban el sistema educativo de Chile, comienza a escribir artículos en diversos medios y publica libros sobre la materia. En 2008 fundó Educación 2020, una organización que busca mejorar la calidad y equidad de la enseñanza en el país.
En 2010 fundó el Centro de Sistemas Públicos, al interior del Departamento de Ingeniería Industrial de la Universidad de Chile, cuya misión es "contribuir significativamente a la mejora de las políticas públicas y a la modernización del Estado en Chile y Latinoamérica, con miras a promover el desarrollo humano de las personas y la creación de valor público".
En noviembre de 2021, junto al escritor Cristián Warnken participó en la fundación del movimiento ciudadano Amarillos por Chile,[4] desde donde asumió un rol crítico respecto del proceso de redacción de una nueva constitución política.
Estuvo casado con la psicóloga Eugenia Weinstein con la que tuvo dos hijos: Andrés y Javier Waissbluth. El primero es director de cine, conocido por Los debutantes. El segundo es rabino. Actualmente está casado con Elena Razmilic, con quien tuvo un hijo, Nicolás Waissbluth.
