El 2 de septiembre de 1996 acompañó a su padre y a sus hermanos en un evento celebrado en la Basílica de Santa María de la Stecatta, de Parma, donde se encuentran enterrados los Duques reinantes de Parma. En aquel acto fueron reactivadas las antiguas Órdenes de su Casa, las cuales gozan desde entonces del reconocimiento formal de la República de Italia.[2] Con motivo de aquel acontecimiento su padre le otorgó el título de Condesa de Colorno.
En 2001 contrajo matrimonio (el 19 de junio, civil, y el 22 de septiembre, religioso) con el empresario Edwin Karel Willem de Roy van Zuydewijn, quien no gozaba de la confianza de la Familia Real. Dos años más tarde se desató un escándalo relacionado con la compañía de su esposo, supuestamente hostigada por la Familia Real. Margarita entró en una franca lucha contra sus familiares, quienes se distanciaron de ella al punto que no fue invitada a la boda de su primo el príncipe Guillermo Alejandro de los Países Bajos con Máxima Zorreguieta. Después de la separación de Margarita y su primer esposo, las relaciones con su familia mejoraron.
↑de las Heras Borrero, Francisco (Julio-Septiembre 2009). «Derecho Premial de los Reyes Carlistas». Cuadernos de Ayala. Revista de la Federación Española de Genealogía y Herádica y Ciencias Históricas (39): 10. Archivado desde el original el 17 de agosto de 2016. Consultado el 5 de julio de 2016.
↑de las Heras Borrero, Francisco (Julio-Septiembre 2009). «Derecho Premial de los Reyes Carlistas». Cuadernos de Ayala. Revista de la Federación Española de Genealogía y Herádica y Ciencias Históricas (39): 12. Archivado desde el original el 17 de agosto de 2016. Consultado el 5 de julio de 2016.