Debutó en la Primera División de México el 23 de septiembre de 1979 con el Club Universidad Nacional, en el que estuvo en varias etapas de su carrera y en el que, sin ser delantero, es el segundo goleador mexicano del club UNAM con 101 goles, precedido por Ricardo Ferretti. Cabinho es el máximo anotar de los Pumas con 166 goles.
Se retiró en el año 1996 en el C. F. Atlante, en un partido frente al club que lo vio nacer: Universidad Nacional.
En 2003 fue entrenador del Atlante en la Liga de Ascenso, salvándolo del descenso. También entreno al Club León terminando en primer lugar de la tabla en la Liga de Ascenso. Su último equipo fue el Petroleros de Salamanca a quien clasificó para disputar por el ascenso pero fueron eliminados por el Club Tijuana.
Se graduó en la maestría en Negocios y Administración en Futbol, que imparte la Federación Mexicana de Futbol. También se dedica a observar talentos en México y en Estados Unidos. El 13 de noviembre de 2012 ingresó en el Salón de la Fama del Futbol, avalado por la FIFA, en la ciudad de Pachuca de Soto.
Negrete es recordado por el gol anotado en el partido de octavos de final entre México y Bulgaria disputado el 15 de junio en el estadio Azteca donde, a pase de Javier Aguirre, realizó una media tijera desde fuera del área que acabó en gol en el minuto 34. Recibió un reconocimiento a los mejores goles del campeonato, colocando una placa conmemorativa en el estadio Azteca. El gol de Manuel Negrete está considerado en el DVD de los 100 años de la FIFA como el quinto gol más hermoso en la historia de los mundiales. México cayó en cuartos frente a Alemania Federal en la tanda de penaltis. Negrete fue el único que anotó su lanzamiento.[2][3][4]
Fue electo para ser alcalde de Coyoacán para el periodo 2018- 2021 por la alianza Por México al Frente, después de una controversial elección, ya que la Sala Regional Ciudad de México había determinado anular los comicios en la demarcación por el uso de programas sociales y recursos públicos, así como hechos de violencia política contra María Rojo, candidata contrincante de Morena. La resolución la tuvo que llevar a cabo la Sala Superior del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación.[5][6][7]