Luchó contra los franceses en la Guerra Peninsular, donde levantó un cuerpo de voluntarios en el norte y posteriormente fue gobernador militar de Vila Real. Por sus servicios, recibió el título de Vizconde de Santa Marta en 1823.
En 1832, dirigió las fuerzas miguelistas en el Sitio de Oporto, junto con el general Póvoas. Por su criterio prudente y rivalidad con el general Póvoas, fue relevado del mando en febrero de 1833. Se retiró de la vida pública y murió en 1844.
Le sucedió como vizconde de Santa Marta su hijo José de Sousa Pereira de Sampaio Vaía, quien también luchó en el sitio de Oporto, y murió sin hijos en 1847.