Recomendado ante el monarca por su buena gestión, fue promovido al cargo de oidor de la Real Audiencia de Panamá (1597). Por razones de salud buscó su traslado, retornando a Lima como alcalde del crimen de su Audiencia (1604) Cuando Felipe III quiso restaurar la Real Audiencia en Chile, designó a Merlo de la Fuente como oidor decano de esta institución (1606). Mientras tanto, se incorporó a la Universidad de San Marcos, donde obtuvo los grados de Licenciado y Doctor en Cánones (1607). Llegaron a Santiago los miembros de la Audiencia el 24 de abril de 1609 e instalaron la misma el 9 de septiembre de ese mismo año.
Encontrándose el gobernador Alonso García Ramón muy enfermo, se designó a Merlo de la Fuente su sucesor, tomando el cargo el 2 de septiembre de 1610, ejerciendo hasta el 15 de enero de 1611. Se registró en su gobierno un nuevo alzamiento mapuche aprovechando la muerte del gobernador anterior.
En 1612 regresó a Lima como oidor, jubilándose de los servicios a la corona en 1618.
Matrimonio y descendencia
Se casó en Lima, el 1° de mayo de 1590, con la dama criolla Jerónima de Santa Cruz y Celis de Padilla, con la cual tuvo los siguientes hijos:
