Fue la segunda de los vástagos del matrimonio formado por Francisco de Borja y Aragón, señor de Lombay (y después, IV duque de Gandía); y Leonor de Castro. Tuvo otros hermanos y hermanas:
Por parte de padre, Isabel pertenecía a una familia de la alta nobleza aragonesa. Su padre era bisnieto (por vía ilegítima) tanto del pontífice Alejandro VI como de Fernando el Católico. Su madre pertenecía a la alta nobleza portuguesa, siendo favorita de la emperatriz Isabel, mujer de Carlos V. Como consecuencia de este hecho, su padre, Francisco de Borja llegaría a desarrollar el cargo de caballerizo mayor de la emperatriz.
Quedó huérfana de madre el 27 de marzo de 1546. Su padre ingresaría en la naciente Compañía de Jesús en junio de ese año, hecho considerado asombroso en la sociedad de la época.[3]
El 25 de octubre de 1548 contrajo matrimonio con Francisco Gómez de Sandoval y Zúñiga, V marqués de Denia y III conde de Lerma.[4] Su marido pertenecía a una familia de la nobleza castellana que durante un tiempo se asentó en el reino de Valencia. Sería este vínculo el que favorecería el matrimonio con Isabel, como hija mayor del III duque de Gandía, poderoso señor de la zona en que ambas familias tenían señorías.
Fruto de esta unión nacerían, al menos, los siguientes hijos:
Francisco, I duque de Lerma y valido de Felipe III de España; contrajo matrimonio el 12 de mayo de 1576 con Catalina de la Cerda.
García Hernán, Enrique (2013). «Francisco de Borja y su familia». Revista Borja. Revista de l'Institut Internacional d'Estudis Borgians(en catalán): 61-81. ISSN1988-723X. Consultado el 28 de diciembre de 2024.
