El Honorable Ayuntamiento Constitucional de José María Morelos, Quintana Roo está integrado principal y primordialmente por el Honorable Cabildo, que es integrado por un Presidente Municipal, en él recae el poder ejecutivo; un Síndico Municipal, en el que recae el poder judicial y el poder legislativo recae en nueve Regidores, de los cuales seis son electos por mayoría relativa y tres por representación proporcional (pudiendo acceder a este puesto solo aquellos candidatos cabezas de planilla -presidente municipal, síndico municipal y primer regidor- que logren el 3% de la votación total en cada ronda de porcentaje de votación, dando preferencia a la jerarquía de las candidaturas en caso de empates en porcentajes de distintos candidatos).
El Ayuntamiento es electo para un periodo constitucional de tres años (trienio) que comienza sus funciones el día 30 de septiembre (hasta 2011 la fecha fue el 10 de abril) del año de la elección y desde 2016 pueden ser reelectos hasta por un siguiente periodo inmediato.
Su sede principal es el palacio municipal, al que por extensión, también se le suele llamar Ayuntamiento o Municipio.
Ayuntamientos Anteriores
H. Ayuntamiento (1975 - 1978) ![]()
Presidente Municipal : José Cirilo Flota Valdéz
Síndico Municipal : Gabriel Domínguez Alonzo
Regidores
H. Ayuntamiento (1978 - 1981) ![]()
Presidente Municipal : Artemio Caamal Hernández
Síndico Municipal : Anastasio Alcocer Díaz (1978-1979) - Fernando Cabrera (1979-1981)
Regidores
H. Ayuntamiento (1981 - 1984) ![]()
Presidente Municipal : Tomás Alfredo Flota Medina
Síndico Municipal : Julio Estrada Quirarte
Regidores
H. Ayuntamiento (1984 - 1987) ![]()
Presidente Municipal : Fermín Sosa Castilla
Síndico Municipal : Gabriel González González
Regidores
H. Ayuntamiento (1987 - 1990) ![]()
Presidente Municipal : Sergio Miguel de la Cruz Osorno
Síndico Municipal : Luis Canul Uc
Regidores
H. Ayuntamiento (1990 - 1993) ![]()
Presidente Municipal : Eduardo José Espadas Tuyub (+) (abril de 1990 - septiembre de 1990)
Presidente Municipal Sustituto: José Francisco Sosa Dzul (septiembre de 1990 - abril de 1993)
Síndico Municipal : Jacinto Chi Seca
Regidores
H. Ayuntamiento (1993 - 1996) ![]()
Presidente Municipal : Ismael Gómez Tox
Síndico Municipal : Roberto May Salazar
Regidores
H. Ayuntamiento (1996 - 1999) ![]()
Presidente Municipal : Roger Cristino Flota Medina
Síndico Municipal : Martiniano Pérez Angulo
Regidores
H. Ayuntamiento (1999 - 2002) ![]()
Presidente Municipal : José Domingo Flota Castillo
Síndico Municipal : Amelio Mukul Pinto
Regidores
H. Ayuntamiento (2002 - 2005) ![]()
Presidente Municipal : Germán Aurelio Parra López
Síndico Municipal : Cirilo Flota Medina
Regidores
H. Ayuntamiento (2005 - 2008) ![]()
Presidente Municipal : Pedro Enrique Pérez Díaz
Síndico Municipal : Miguel Ángel Borges Che
Regidores
H. Ayuntamiento (2008 - 2011) ![]()
Presidente Municipal : Otto Ventura Osorio
Síndico Municipal : Pepe Luis Flota Hernández
Regidores
H. Ayuntamiento (2011 - 2013) 
Presidente Municipal : José Domingo Flota Castillo
Síndico Municipal : Enrique de Jesús Pacab Briceño
Regidores
H. Ayuntamiento (2013 - 2016) ![]()
Presidente Municipal : Juan Manuel Parra López
Síndico Municipal : Rodolfo Poot Pat (Suple a Gener Alejandro Flota Becerra quien renuncia al cargo de Síndico Municipal Electo para asumir el puesto de Secretario General del H. Ayuntamiento)
Regidores
H. Ayuntamiento (2016 - 2018) ![]()
Presidente Municipal : José Dolores Baladez Chi
Síndico Municipal : Leysdi Soledad Flota Medina
Regidores
H. Ayuntamiento (2018 - 2021)
Presidente Municipal : Sofía Alcocer Alcocer
Síndico Municipal : Víctor Javier Díaz Selem
Regidores
H. Ayuntamiento (2021 - 2024) 
Presidente Municipal : Erik Noé Borges Yam
Síndico Municipal : Zugeydi Serralta Vázquez
Regidores
H. Ayuntamiento Actual (2024 - 2027)
Presidente Municipal : Erik Noé Borges Yam
Síndico Municipal : Rosilene de Rubí Carvajal Pech
Regidores
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