Se asegura que su fundación es anterior a la conquista y por consiguiente sus habitantes pertenecían a la raza lenca.
En 1791, en el recuento de población de 1791, era un pueblo del Curato de Cururú.
En 1889, en la División Política Territorial de 1889 era un municipio del Círculo de Opatoro.[3]
Población
La comunidad que forma este municipio es cuna de la etnia Lenca. Sus pobladores conservan parte de sus tradiciones, como la vestimenta, trabajos de artesanías y bordados. Con el paso del tiempo han sustituido su lenguaje lenca hondureño por el español.
División Política
Aldeas: 14 (2013)
Caseríos: 141 (2013)
Aldeas de Guajiquiro
Código
Aldea
120601
Guajiquiro Centro
120602
Dolores
120603
El Guapinol
120604
Guajiquirito
120605
Ingrula
120606
La Crucita
120607
Las Delicias
120608
Las Vegas del Paraíso
120609
San Antonio
120610
San José
120611
San Marcos
120612
San Matias o Las Joyas
120613
San Pedro
120614
Santa Rosita
Caseríos de Guajiquiro
Código
Caserío
Altamira
Tamara
San Juan
El Peñón
Bajillal
Linderos
Laureles
Palo Blanco
El Pinar
Duraznal
Pasguare
Quilito
Buenos Aires
Jicarito
San Bartolo
Las Flores
Potrerito
Pueblo Nuevo
Nueva Esperanza
Nueva Suyapa
El Ocotal
Jaguas
Palagua
Yupe
San Felipe
San Miguel
Talanga
Guanacaste
Monte Grande
San José del Bramadero
De todas las aldeas mencionadas, aparte de Guajiquiro y Santa Rosita, San Miguel es la aldea que tiene más habitantes, sin embargo todas las aldeas cuentan con energía eléctrica, agua potable, carretera y otros proyectos de desarrollo comunitario. En Educación, Guajiquiro cuenta con aproximadamente 20 CEPREB, 44 Escuelas de Educación Básica, 3 Instituciones de Educación Media: Instituto Polivalente Superación en Guajiquiro Centro, Instituto Ramón Rosa en Santa Rosita e Instituto Flavio Ernesto García en San Antonio.
↑Fiallos, Carmen. 1989. La creacion de la alcaldía municipal según antepasados fue en el año de 1956, donde su primer alcalde fue el señor Eusebio López de la Comunidad de Quilito.