Para el Clausura 2008 Alcoba logró su fichaje con Peñarol y en su primer torneo logró, pero el campeonato de la temporada lo ganó Defensor Sporting Club.
En diciembre de 2014 se va de Liga de Quito a préstamo por un año a los Pumas de la UNAM. Formó parte del subcampeonato del Apertura 2015, anotó el gol que mando la serie a penales, donde Tigres de la UANL se coronó campeón dramáticamente. Después emigró al Club Santos Laguna. En este equipo formó parte del equipo campeón del Clausura 2018, fue titular en la liguilla con la lesión de Néstor Araújo. El siguiente torneo fue sustituto de Matheus Dória.
En enero de 2019 fichó por C. A. Tigre[4] después de rechazar jugar en Club Puebla.[5] Con Tigre, Gerardo sería parte del histórico plantel que lograría la Copa de la Superliga 2019, el primer título nacional de primera división en la historia de Tigre, habiendo descendido esa misma temporada a Segunda categoría en la Liga.
Selección nacional
Ha sido internacional con la selección uruguaya en dos ocasiones. Su debut se produjo en el triunfo de Uruguay frente a Turquía por 3 a 2, el día 25 de mayo de 2008. Gerardo Alcoba participó en dos partidos amistosos con Uruguay y ambos terminaron en victoria uruguaya. Fue titular en el primer partido e ingresó por Bruno Silva en el segundo.