El 25 de julio de 1903 contrajo matrimonio con la dama chilena Aurora Thorndike Mathieu, hija de John Thorndike, un destacado ingenieronorteamericano propietario de diversas inversiones ferroviarias quien se instaló en el Perú para construir, junto a Henry Meiggs, los puentes del ferrocarril central en las alturas de los Andes.
La residencia de Genaro Castro Iglesias ubicada en el distrito de Miraflores, frente al parque central.
Fue propietario de importantes tierras e inversiones agrícolas en el departamento de Cajamarca heredadas de sus padres, quienes entre la rama familiar de los Castro y la de los Iglesias poseían 267,381 hectáreas, lo que constituía aproximadamente el 8% de todo el departamento de Cajamarca.[4] Entre estas tierras destacó la hacienda Lives, un latifundio de 50,000 hectáreas en el que se introdujeron toros de raza suiza.[5] A pesar de ello, vendió sus tierras en Cajamarca y adquirió la hacienda La Palma, ubicada en el distrito de Miraflores, del cual fue alcalde en el periodo 1915-1917 durante el gobierno del presidente José Pardo y Barreda. La hacienda La Palma fue posteriormente urbanizada por su yerno Javier García Castro, hijo del coronel Vidal García y García, quien le colocó el nombre de su tío Genaro Castro Iglesias a una de las calles del distrito y el de su tía Aurora a la urbanización.
Residió junto a su familia en la actual Casa García Alvarado, un chalet construido inicialmente por el arquitecto Rozzaga en 1912 frente al actual parque Kennedy en la Avenida José Larco, a escasos metros de la Municipalidad de Miraflores, el cual fue posteriormente remodelado en 1932 por el arquitecto Luis Santistevan Benavides siendo actualmente considerado monumento integrante del Patrimonio Cultural de la Nación.
