La compañía comienza sus actividades en 2016. Está fundada por el Grupo Dubreuil, dueño de Air Caraïbes. El A330-300 de French bee ha efectuado su primer vuelo comercial el 1 de julio de 2016 para Air Caraïbes bajo el código TX540, conectando París (Francia metropolitana) con Pointe-à-Pitre (Guadalupe).[2] El primer vuelo comercial bajo su propia marca ha tenido lugar el 10 de septiembre de 2016 con destino a Punta Cana (República dominicana).[3] Propone hasta diez vuelos por semana hacia La Reunión desde el 16 de junio[4] de 2017. Los vuelos de French Bee están operados en código compartido con Air Caraïbes.[5]
El premier Airbus A350-900, matriculado F-HREU (en vínculo con la ruta a la Reunión), es también el primer A350 explotado por una compañía de bajo costo. Su primer vuelo comercial ha tenido lugar el 22 de agosto de 2017 con destino a Saint-Denis (La Reunión).[6][7]
Al finalizar noviembre 2017, la compañía es renombrada provisionalmente French en lugar de FrenchBlue) debido a un posible conflicto jurídico con una aerolínea estadounidense que tiene un nombre cercano.[8] El 30 de enero de 2018, la compañía se llama a partir de ahora French Bee con el fin de evitar largos intercambios jurídicos con la aerolínea estadounidense Jet Blue, que discutía el antiguo nombre.[9]
A finales del 2018, el presidente del Consejo departamental de Mayotte ha llamado French Bee a servir el departamento[14]
El 11 de abril de 2019, durante la presentación de los resultados de French Bee de 2018, sus dirigentes han anunciado que quieren abrir una nueva ruta por año.[15]