A su regreso a Santa Fe y Ciudad de México, Domínguez remitió a sus superiores franciscanos una crónica bastante crítica con la administración de las misiones de Nuevo México. Sus observaciones le acarrearon la pérdida de confianza de la jerarquía franciscana, que le envió a una recóndita misión en el norte de México, en los presidios de Nueva Vizcaya, donde murió en 1803.
Aunque la expedición de Escalante fracasó en su intento de llegar a California, aportó el conocimiento de nuevas tierras inexploradas de la actual Utah.
