Desde que se instauró el sistema de campeonatos cortos con play-offs en 2002, Colo-Colo alcanzó su cuarta final, de las tres anteriores salió campeón en una sola (Clausura 2002 contra la Universidad Católica), mientras que las otras 2 las perdió contra Cobreloa en 2003. Por su parte la Universidad de Chile disputó su tercera final y, de las dos anteriores, fue campeón en una oportunidad (Apertura 2004). Ambos equipos se habían clasificado a todos los play-offs, eran la primera vez que los dos equipos más grandes de Chile se enfrentaban en "play-offs" y también su primera final desde la Copa Chile 1979, ganada por Universidad de Chile, también era la segunda vez que definían un título de Primera División desde 1959, mientras que por llaves entre ambos no se veían las caras desde las semifinales de la Copa Apertura 2000, que también fue ganada por la "U". El joven equipo albo era dirigido por Claudio Borghi, mientras que los azules eran dirigidos por Gustavo Huerta.
Finales anteriormente jugadas entre ambos equipos
Esta era la cuarta vez que definían un título local, anteriormente se habían enfrentado en una definición 3 veces, con una leve ventaja para la U[2]:
Luego de dos accesibles semifinales, se vieron las caras los 2 más grandes del fútbol chileno. En la final de ida jugada el 28 de junio de 2006 a las 16:00 horas (hora chilena) en el Estadio Nacional frente a 30 mil espectadores, Colo-Colo logró imponerse por 2-1 con doblete de Matías Fernández (la figura de la tarde), aunque no fue sencillo porque la U dio la primera estocada anotando al minuto 12 de tiro de esquina con gol de cabeza de Herly Alcázar tras mala salida de Claudio Bravo. De cara al segundo tiempo el DT albo Claudio Borghi decidió mover piezas para darle vuelta a la situación, sacando a Miguel Aceval por Álvaro Ormeño y mandando a Gonzalo Fierro a la banda izquierda para tapar la salida de Herly. Mientras transcurría el 2T poco a poco Colo-Colo se iba adueñando del balón y creando peligro con su dupla Jorge Valdivia y Matías Fernández, este último fue protagonista de la tarde al anotar los 2 goles de la remontada (el último de tiro libre -su especialidad- al 90+1).[3]
Cuatro días después (el 2 de julio) se jugó la vuelta en el mismo estadio y la misma hora, la U a pesar de perder el primer partido no se rindió y siguió luchando para empatar el marcador, hasta que lo logró al minuto 70' tras un pase del veterano Marcelo Salas, un centro de un joven Marcelo Díaz que encontró el zapato de Luis Pedro Figueroa para anotar el 1-0 y mandar todo a lanzamientos penales. Ya en lanzamientos tanto Matías como Salas y Chupete anotaron sus penales quedando Colo-Colo 2-1 arriba de momento, después Luis Mena y Hugo Droguett fallaron para CC y la U respectivamente, en el tercer penal azul el colombiano Mayer Candelo quiso cancherear tras ver que Claudio Bravo se tiró antes de patear el penal haciendo el tiro a lo panenka, pero Bravo (quien fue la figura del encuentro) reaccionó desde el suelo y logró evitar el gol de forma felina manoteando el balón, desviándolo hacia el palo izquierdo y rebotando hacia afuera,[4] despidiéndose de gran forma de los albos porque después de este partido partió a la Real Sociedad de España, Gonzalo Fierro se encargó de anotar el cuarto penal albo quedando los "albos" 3-1 arriba, Luis Pedro Figueroa descontó para los azules quedando 2-3 abajo y finalmente Miguel Aceval abrochó el título albo en el quinto penal anotando el 4-2 final que le dio su estrella 24 a Colo-Colo y clasificación a la Copa Libertadores 2007 como Chile 1 (también se había clasificado a la Copa Sudamericana 2006 tras acabar primero en la tabla general), rompiendo una sequía de 3 años y medio sin títulos y además en una final para la historia.[5][6]
Con su nueva estrella, Colo-Colo logró su 24º campeonato nacional, volviendo a salir campeón del fútbol chileno tras 3 años y medio, además se clasificó a la Copa Libertadores 2007 como Chile 1 (quinta participación consecutiva).
Respecto a definiciones entre ambos, esta fue la cuarta final que jugaron, la tercera en el Nacional (1959 y 1979) y la primera que lograban ganar los "albos" en el recinto de Ñuñoa, cobrándose revancha también de lo ocurrido en 1959 (hasta ese entonces única definición entre ambos por Primera División).
El delantero chileno Humberto Suazo finalizó como goleador del torneo con 19 anotaciones.
