La final de la Copa Mercosur 1998 fue disputada entre el Palmeiras y el Cruzeiro, ambos de Brasil. Ambos equipos llegaban por primera vez a la final de la Copa Mercosur y buscaban ganarla por primera vez, y convertirse así en el primer campeón de este torneo.
La final de ida se jugó el 16 de diciembre de 1998 en el Mineirão en donde el Cruzeiro derrotaría por 2 a 1 al Palmeiras. La final de vuelta se jugó el 26 de diciembre de 1998 en el Parque Antártica en donde el Palmeiras derrotaría por 3 a 1 al Cruzeiro. Debido a que ambos equipos habían ganado sus respectivos partidos, estaban igualados en puntos, por lo que se tuvo que jugar un tercer partido. El tercer partido se jugó el 29 de diciembre de 1998 en el Parque Antártica en donde el Palmeiras derrotaría por 1 a 0 al Cruzeiro, resultado que le daría el título y se convertiría así en el primer campeón.
Era la primera vez que dos equipos de un mismo país jugaban la final de la Copa Mercosur, motivo por el cual todos los partidos de la final se jugaron en Brasil.
Reglamento
La final se jugará en partidos de ida y vuelta.
La final se definirá por puntos, y el equipo que más puntos tenga será el campeón.
El equipo que obtenga más puntos luego de jugarse los dos partidos será el campeón.
Si en caso ambos equipos terminan igualados en puntos luego de jugarse los dos partidos, se jugará un tercer partido, y el vencedor de ese partido será el campeón.