Durante un tiempo ejerció su profesión en pueblos de Huesca y en Zaragoza capital.[3] Posteriormente, trabajó en distintos países de África, América Latina y Europa, dominando seis idiomas.[3] En África vivió unos nueve años junto a su esposa, científica especializada en enfermedades tropicales, y su familia, hasta 1998, cuando decidieron volver a España.[3][5]
Durante su etapa africana ejerció como director del Centro de Investigación en Enfermedades Tropicales de Manhiça (Mozambique), especializado en malaria, sida y tuberculosis, y del Hospital de Ntita (Burundi).[6] Estuvo en esta región como voluntario de Medicus Mundi entre 1993 y 1998. En este lugar tuvo que afrontar la guerra civil que se desató entre las dos etnias principales del país, los hutus y los tutsis, entre 1993 y 1999.[3]
Trabajó también en Guatemala, Ecuador y Francia, en el Instituto de Vigilancia Epidemiológica.[3]
Entre 2003 y 2011, fue jefe de la Unidad de Alerta y Respuesta del Instituto de Salud Carlos III dirigiendo el programa del Centro Nacional de Epidemiología (CNE) de España y coordinando la Unidad de Alerta y Respuesta Sanitaria de dicho centro.[7]
Desde 2012 es director del Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias[9] y da clases en la Escuela Nacional de Sanidad, integrada en el Instituto Carlos III. En este mismo año se encargó de explicar en España la evolución del problema sanitario generado a raíz de la crisis del ébola.[3]
Pandemia de COVID-19 en España
Como director del Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias del Ministerio de Sanidad, desde marzo de 2020 está al frente de la pandemia de COVID-19 en España. Su actuación generó y genera controversias, siendo alabado por unos y denostado por otros,[10][11] entre ellos la oposición al Gobierno.[12][13]
El 30 de marzo, Simón dio positivo por coronavirus, retomando sus labores dos semanas después tras superar el virus.[14][15][16][17] María José Sierra Moros fue su sustituta al frente de la comunicación desde Moncloa hasta que Simón recibió el alta médica el 14 de abril y volvió a asumir la portavocía.[18]
A raíz de sus continuas apariciones en rueda de prensa, su imagen se hizo popular y apareció en camisetas, portadas, grafitis, y memes de internet.[19] Sin embargo, varios periodistas, escritores, partidos, organizaciones y medios de comunicación han acusado al Gobierno de llevar a cabo "una campaña de blanqueo" para desviar la atención de la gestión de la pandemia.[20]
El 13 de noviembre de 2020, la Asamblea del Consejo General de Colegios de Médicos (CGCOM), que agrupa a los 52 Colegios de Médicos de España, aprobó solicitar su cese inmediato de su cargo,[21] aunque el Consejo de Colegios de Médicos de Cataluña se desmarcó al día siguiente.[22]