En el 293 a. C. se unió a la revuelta de las ciudades etruscas contra Roma pero fue rápidamente sometida por el cónsul Carvilio, firmándose una tregua por un año que terminarÃa en la paz definitiva.
Tras la primera guerra púnica, en el 241 a. C., y por causas completamente desconocidas y difÃciles de entender, la ciudad se rebeló. El conflicto fue breve, pues la ciudad fue sometida al cabo de seis dÃas. Quince mil ciudadanos murieron en la lucha y los habitantes que sobrevivieron fueran obligados a evacuarla y fundar una nueva ciudad en un punto de fácil acceso y sin defensas naturales. Asà lo cuenta Zonaras, lo que permite asegurar que las ruinas de la ciudad de Faleria en la actual Santa Maria in Falleri no son las de la antigua ciudad etrusca, sino las de la ciudad del periodo romano conocida por Falerii Nova, mientras que las ruinas de la antigua ciudad (Falerii Veteres) corresponden a las cercanÃas de la actual Civita Castellana.
En Falerii Nova se estableció una colonia romana en tiempo de los triunviratos que se llamó Colonia Junonia Faliscorum o Colonia Falisca. No fue una ciudad muy importante y por su nombre se deduce que permaneció en ella el culto a Juno. Subsistió como ciudad de poca entidad durante el Imperio y todavÃa se la mencionada con el nombre de Faleros en la Tabula Peutingeriana, a unos 8 km de Nepe (actual Nepi), junto la vÃa hacia Ameria. Fue sede episcopal desde el siglo V al XI, pero en la Edad Media sus habitantes volvieron a buscar la seguridad de la ciudad vieja (Falerii Veteres), a unos 6 km de Civita Castellana y unos 8 de Nepi. En el lugar donde estuvo Falerii Nova sólo quedan una granja y una iglesia llamada Santa Maria in Falleri, consistiendo las ruinas en las murallas (originalmente de unos 2 km), con las puertas arcadas y torres cuadradas, unas de las mejor preservadas. En el de Falerii Veteres quedan unos restos de las murallas.