Fue fundado en el año 1974 en la ciudad de Bresanona como Sport Verein Milland, del nombre de una fracción de este municipio. En 1995 cambiaron de nombre por el de F.C. Südtirol-Alto Adige; cinco años después se llamaron simplemente F.C. Südtirol y se mudaron a la ciudad de Bolzano,[1] aunque siguieron jugando en Bresanona hasta el 2011.[2]
El 24 de abril de 2022, los altoatesinos lograron el primer ascenso a la Serie B de su historia.[3]