En la temporada 2001-02 Sebastopol estaba representada por el Chayka. El equipo realizó un mal papel en el aspecto deportivo y experimentó importantes problemas financieros. Al final, terminó último en la Persha Liha y descendió a la Druha Liha.
En 2002 accedió al poder Oleksandr Krasylnykov, presidente de "Krymnaftoservisu", que se convirtió en el patrocinador principal del club. Él se hizo cargo de todos los problemas del club pagando sus deudas. A partir de este momento comienza la historia del nuevo equipo de Sebastopol.
La primera temporada de la historia del FC Sevastopol, fue la temporada 2002-03 y los comienzos fueron graves. El club pasó cinco temporadas en la Druha Liha hasta que, finalmente, en la temporada 2006-07 el club logró el ascenso a la Persha Liha tras proclamarse campeón. Además, en esa misma temporada, el equipo alcanzó los cuartos de final de la Copa de Ucrania.
Para la temporada 2009-10 el Sevastopol consiguió el histórico ascenso a la Liga Premier, pero descendió en esa misma temporada al perder la lucha por el descenso en un dramático final de liga contra el Illichivets Mariupol en la última jornada. Antes de esta jornada, el equipo estaba clasificado en el 14º lugar, superando a Illichivets en un punto.
Durante los primeros años de la historia del club, el estadio se encontraba fuera de la ciudad de Sebastopol, en el estadio de Druzhba situado en Bakhchisaray, Crimea.[3] Después del parón invernal regresaron a la ciudad de Sebastopol, donde el club había remodelado su antiguo estadio, el SKS Arena. Hay intención de reconstruir el estadio Hirnyk en Balaklava, que forma parte del municipio de Sebastopol.
