A la muerte de su padre en 1445, su tío, el rey Alfonso V de Aragón, actuó como regente del condado de Ampurias con tal poder, que Enrique no pudo acceder al control del mismo hasta la muerte del monarca en 1458. En 1469, el condado de Segorbe fue ascendido a la categoría de ducado y en 1489, Enrique lo cedió a su hijo Alfonso.
Cuando su primo Fernando II de Aragón fue proclamado rey, Enrique fue nombrado lugarteniente de Cataluña y, a diferencia de como había sucedido hasta aquel entonces, el cargo fue institucionalizado, dejando de ser un cargo para cuando el monarca abandonaba el Principado de Cataluña y pasando a ser un cargo permanente, con independencia de la localización del monarca.
