Emiliano Albín comenzó jugando en la posición de delantero en el Artigas de Sauce, para luego jugar en el Liverpool de Canelones. En el año 2008 debió trasladarse a Montevideo debido a sus estudios para seguir la carrera de agrónomo, entonces se fue a probar a la Cuarta división de Peñarol, saliendo campeón en esa misma categoría en su primer año.
Debutó en Primera División, en la primera fecha del Campeonato uruguayo 2009-10 frente al Montevideo Wanderers ingresando como volante por izquierda con Julio Ribas como entrenador. Fue luego colocado en la defensa, en el puesto de lateral, por el técnico Víctor Púa luego de la salida de Ribas, así como por Diego Aguirre, variando entre banda derecha y banda izquierda. En su primera temporada en Primera División consiguió el título de Campeón Uruguayo.
A fines de junio de 2015 se le vence su contrato con Peñarol, quedando libre. El 26 de enero de 2016 lo contrató el Club Juventud,[3] a las horas de contrato fue adquirido por el Auroca de Portugal.[4]
Participó de los Juegos Panamericanos 2011, con la selección uruguaya sub-22 que compitió en el torneo, siendo capitán del equipo. Allí, Albín guio al equipo oriental hasta la medalla de bronce, no pudiendo llegar más alto.
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