La Eliminatoria al Campeonato Africano Sub-17 de 2013 se jugó del 7 de septiembre al 2 de diciembre del 2012 y contó con la participación de 39 selecciones infantiles de África en la lucha por 7 plazas para la fase final del torneo a celebrarse en Marruecos junto al país anfitrión.

Equipo 1	Agr.	Equipo 2	Ida	Vuelta
Malaui	3 - 3 (p 2 – 4)	Botsuana	2 - 1	1 - 2
Zimbabue	4 - 2	Mozambique	2 - 2	2 - 0
Níger	1 - 10	Nigeria	1 - 4	0 - 6
Libia	4 - 6	Mauritania	2 - 5	2 - 1
Somalia	0 - 3	Sudán	0 - 3[1]​[2]​	[3]​
Reunión	w/o	Namibia	-	-
Etiopía	w/o	República Centroafricana	-	-
Chad	w/o	Guinea Ecuatorial	-	-
Tanzania	w/o	Kenia	-	-
RD Congo	w/o	Angola	-	-
Liberia	w/o	Benín	-	-

Equipo 1	Agr.	Equipo 2	Ida	Vuelta
Namibia	0 - 7	Burkina Faso	0 - 2	0 - 5
Etiopía	4 - 5	Túnez	3 - 0	1 - 5
Botsuana	1 - 1 (p 7 – 6)	Ruanda	1 - 0	0 - 1
Angola	4 - 5	Gabón	4 - 1	0 - 4
Benín	5 - 2	Camerún	4 - 1	1 - 1
Sudáfrica	2 - 1	Zambia	1 - 1	1 - 0
Mauritania	3 - 6	Malí	2 - 1	1 - 5
Nigeria	7 - 0	Guinea	3 - 0	4 - 0
Zimbabue	w/o	Congo	1 - 2	w/o
Sudán	w/o	Argelia	-	-
Sierra Leona	w/o	Senegal	-	-
Chad	w/o	Costa de Marfil	-	-
Tanzania	w/o	Egipto	-	-
Gambia	w/o	Ghana	-	-

Equipo 1	Agr.	Equipo 2	Ida	Vuelta
Botsuana	2 - 2 (p 3 – 2)	Argelia	1 - 1	1 - 1
Burkina Faso	2 - 4	Túnez	2 - 1	0 - 3
Senegal	2 - 3	Costa de Marfil	1 - 1	1 - 2
Tanzania	1 - 2	Congo	1 - 0	0 - 2
Gabón	3 - 2	Benín	2 - 1	1 - 1
Sudáfrica	3 - 5	Ghana	2 - 3	1 - 2
Nigeria	4 - 0	Malí	2 - 0	2 - 0

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• 2013 African Under-17 Championship qualifiers 1st-round
• 2013 African Under-17 Championship qualifiers 2nd-round