Las elecciones estatales de Nayarit de 1999 se llevaron a cabo el domingo 4 de julio de 1999, y en ellas se renovaron los siguientes cargos de elección popular en el estado mexicano de Nayarit:
20 ayuntamientos. Compuestos por un Presidente Municipal y regidores, electos para un periodo de tres años no reelegibles para el periodo inmediato.
30 diputados del Congreso del Estado.18 Electos por mayoría relativa en cada uno de los Distritos Electorales y 12 electos bajo el principio de Representación Proporcional.