El actual Ejército de Eslovenia proviene de las Fuerzas de defensa territorial de la República Yugoslava de Eslovenia (en esloveno: Teritorialna Obramba Republike Slovenije, o TORS por su abreviación), las cuales fueron instituidas en 1968 como una fuerza de defensa paramilitar y complementaria a las fuerzas regulares de la anterior República Federal Socialista de Yugoslavia que se encontraban acantonadas en el territorio de Eslovenia. Sus objetivos principales eran los de dar soporte a las fuerzas del Ejército de Yugoslavia (o JNA) y llevar a cabo una defensa a base de tácticas de guerrilla en el caso eventual de una invasión.
Cuando Eslovenia se declaró independiente de Yugoslavia en el transcurso de las Guerras de secesión de Yugoslavia desde 1991, las TORS y el Cuerpo de la Policía Nacional de Eslovenia comprendían la mayoría de las fuerzas beligerantes que enfrentaron a las JNA durante la Guerra de los Diez Días que precedió a su independencia de facto. Las Fuerzas Armadas de Eslovenia fueron establecidas formalmente en 1993 tras una reorganización y mejora de los materiales y conscriptos de las TORS, tras la disolución total de Yugoslavia como nación, así como de sus fuerzas militares; y ante el retorno de los oficiales eslovenos que hacían parte de las JNA.
El Ejército de Eslovenia atraviesa un proceso de reorganización actualmente en marcha, con el objetivo de cambiar de una mera fuerza de defensa territorial a un verdadero ejército capaz de defender la soberanía e integridad territorial a la que su gobierno la obliga, y primariamente como un elemento apuntado a la manutención de la paz. Después de 1993, al Ejército de Eslovenia se le facultó para el reclutamiento por un periodo de tiempo, y se determinó que el entrenamiento fuera de 6 a 7 meses, y contó con la novedad de ser casi como una escuela, luego de que el recluta prestase su servicio militar totalmente conscripto, podía luego ser tomado de manera profesional. En el año de 2003, el Ejército de Eslovenia por una decisión gubernamental abole la conscripción y para julio del 2004, el Ejército de Eslovenia se había reorganizado completamente en una fuerza militar de carácter totalmente profesional ahora basada en voluntarios. Aproximadamente y en la actualidad su pie de fuerza consta de unos 7,600 de tropas activas y de cerca de 1,700 hombres aproximadamente en reserva, reducido de los 55,000 miembros durante la etapa de la conscripción. Las unidades operacionales ahora constan de tres brigadas, la 1.ª, la 72.ªy un comando de defensa Antiaérea y una Brigada de Aviación Militar; todas las tres están subordinadas Comando General de las Fuerzas Militares de Eslovenia.
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