Comenzó su carrera en Club San Jorge de la ciudad de Morteros jugando en divisiones inferiores. Luego pasó al Asociación Deportiva 9 de Julio de Morteros. Participó también en el Torneo Argentino "B". Luego fue traspasado a Rosario Central, donde ya estaba su hermano Diego Villagra.
En 2010 fue convocado por segunda vez y jugó los 90 minutos en un partido amistoso ante Haití.
Retiro momentáneo
El 17 de febrero de 2018 se confirma que Kity dejará el fútbol por un tiempo momentáneo, debido a la donación de médula ósea a su hermano, quien padecía leucemia.[3]
Retiro del fútbol
El 10 de junio se anuncia que Villagra dejará de jugar al fútbol, para estar cerca de sus familiares en Rosario.[4] 5 días después, la cuenta oficial en Twitter de Atlético Tucumán confirma el fallecimiento de su hermano, Gonzalo.[5][6]