La Copa Real Federación Española de Fútbol 2008-09 es la 16.ª edición de dicha competición española. Se disputa en dos fases, una entre equipos de la misma comunidad autónoma entre septiembre y noviembre dependiendo de la autonomía. La segunda fase es la fase nacional, en la que los campeones de cada comunidad se enfrentan a equipos eliminados de las primeras rondas de la Copa del Rey. Esta competición se jugó del 2 de agosto de 2008 al 15 de abril de 2009, fecha en la que el Real Jaén se proclamó campeón de esta edición. En esta competición, a diferencia de la Copa del Rey, pueden participar los filiales de los equipos siempre que no participe también el primer equipo.
La primera ronda del torneo la disputaron 10 equipos. En esta ronda se enfrentan entre sí equipos de la misma comunidad autónoma o comunidades cercanas.
En esta fase los equipos eliminados en la Copa del Rey pasan a jugar los treintadosavos de la Copa RFEF.
La sexta y última ronda del torneo la disputan los 2 vencedores de las semifinales. La eliminatoria se jugó a ida y vuelta los días 2 de abril y 15 de abril de 2009. Los finalistas son el Real Jaén CF y el Rayo Vallecano B.
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