Los coanocitos son un tipo de células exclusivo del filo Porifera , que es un conjunto forman el coanodermo, la capa interna celular de las esponjas. Son células provistas de un largo flagelo central irradiado de una corona simple o doble de microvellosidades.

Comúnmente contienen numerosas vacuolas digestivas. Dirigen el flagelo a la cámara, que contacta con el medio externo; los coanocitos provocan corrientes de agua gracias a movimientos que, aunque no son coordinados en el tiempo, sí lo son en la dirección.

Además, los coanocitos intervienen también en la captura del alimento. Al provocar corriente, obligan a las partículas en suspensión a acercarse. El agua atraviesa las microvellosidades del collar, donde queda encerrado el alimento que será después fagocitado y, por transcitosis, llevado al mesohilo, donde los arqueocitos lo captarán y transportarán al resto del organismo. En el mesohilo se formarán también una especie de "bolitas" fecales, que se eliminarán por transcitosis de los coanocitos.

Los coanocitos tienen un importante papel en la reproducción. Por un lado, son las células que dan lugar a los espermatozoides; todos o algunos coanocitos de una cámara vibrátil se transforman en espermatogonias que originarán espermatozoides. Por otro lado, los coanocitos fagocitan los espermatozoides que han penetrado en el sistema acuífero procedentes de otros individuos; luego, estos coanocitos se desprenden, se transforman en células ameboides (forocitos) que llevan el espermatozoide hasta un óvulo.

Dependiendo de los tipos de esponjas, se los coanocitos ocupan diferentes regiones:

• Las esponjas Asconoides, con su típica forma de tubo, tienen los coanocitos tapizando las paredes del atrio o espongiocele, donde generan la corriente de agua, que en este caso es muy débil.
• Las Siconoides disponen de canales flagelares donde se localizan los coanocitos. Así, con un menor volumen de agua para la misma superficie de coanocitos, éstos pueden bombear más cantidad de agua aumentando la eficiencia del sistema acuífero.
• Las esponjas Leuconoides tienen la mayor eficiencia en producir corrientes de agua, ya que sus coanocitos se

Los coanocitos tienen una gran similitud con los organismos unicelulares denominados coanoflagelados, dato que se utiliza para defender la teoría colonial sobre el origen de los animales, según la cual, una colonia de coanoflagelados sería el punto de partida para la organización pluricelular típica de los animales.