Como muchas otras masas de agua, enfrenta problemas de contaminación; el principal de ellos ocasionado por el vertimiento sin tratamiento del 60% de las aguas negras de la ciudad de Cartagena, la cual tiene una población que ronda los 1007500 habitantes; también influye la proliferación de rellenos y el desvío de fuentes de agua que anteriormente vertían sus aguas en la ciénaga.[3] Miles de personas han invadido las riveras y habitan zonas inundables, construyendo sus viviendas de manera precaria, enfrentando el riego de inundación y problemas de salubridad. Adicionalmente, hasta el 30% de los habitantes de Cartagena habitan en sus inmediaciones, quienes sufren también el impacto en temporada de lluvias.[4]
