El III Campeonato Europeo de Natación en Piscina Corta se celebró en Lisboa (Portugal) entre el 9 y el 12 de diciembre de 1999. Fue organizado por la Liga Europea de Natación (LEN) y la Federación Portuguesa de Natación.

Las competiciones se realizaron en las Piscinas Jamor de la ciudad lusa.

Evento
50 m libre (10.12)	Mark Foster Reino Unido Reino Unido 21,71	Pieter van den Hoogenband Países Bajos Países Bajos 21,79	Lorenzo Vismara Italia Italia 21,83
100 m libre (12.12)	Pieter van den Hoogenband Países Bajos Países Bajos 47,29	Lars Frölander Suecia Suecia 47,86	Karel Novy Suiza Suiza 48,44
200 m libre (09.12)	Pieter van den Hoogenband Países Bajos Países Bajos 1:44,34	Massimiliano Rosolino Italia Italia 1:45,22	Stefan Herbst Alemania Alemania 1:46,09
400 m libre (10.12)	Massimiliano Rosolino Italia Italia 3:42,00	Jörg Hoffmann Alemania Alemania 3:42,88	James Salter Reino Unido Reino Unido 3:43,48
1500 m libre (12.12)	Ihor Chervynsky Ucrania Ucrania 14:42,05	Jörg Hoffmann Alemania Alemania 14:45,49	Teo Edo Farré España España 14:49,73
50 m espalda (09.12)	Miro Žeravica Croacia Croacia 24,70	Tomislav Karlo Croacia Croacia 24,72	Sebastian Halgasch Alemania Alemania 24,79
100 m espalda (12.12)	Örn Arnarson Islandia Islandia 53,13	Derya Büyükuncu Turquía Turquía 53,17	Volodymyr Nikolaichuk Ucrania Ucrania 53,23
200 m espalda (10.12)	Örn Arnarson Islandia Islandia 1:54,23	Jirka Letzin Alemania Alemania 1:55,19	Adam Ruckwood Reino Unido Reino Unido 1:55,25
50 m braza (09.12)	Mark Warnecke Alemania Alemania 27,10	Oleg Lisogor Ucrania Ucrania 27,37	Roman Sludnov Rusia Rusia 27,38
100 m braza (11.12)	Roman Sludnov Rusia Rusia 58,85	Patrik Isaksson Suecia Suecia 59,32	José Couto  Portugal 59,70
200 m braza (12.12)	Stéphan Perrot  Francia 2:07,82	José Couto  Portugal 2:09,98	Adam Whitehead Reino Unido Reino Unido 2:10,98
50 m mariposa (12.12)	Miloš Milošević Croacia Croacia Lars Frölander Suecia Suecia 23,35	—	Jere Hård Finlandia Finlandia 23,81
100 m mariposa (10.12)	Lars Frölander Suecia Suecia 51,19	James Hickman Reino Unido Reino Unido 51,43	Danys Sylantyev Ucrania Ucrania 52,01
200 m mariposa (11.12)	James Hickman Reino Unido Reino Unido 1:53,52	Thomas Rupprath Alemania Alemania 1:54,43	Danys Sylantyev Ucrania Ucrania 1:54,83
100 m estilos (11.12)	Jens Kruppa Alemania Alemania 53,93	Peter Mankoč Eslovenia Eslovenia 54,27	Marcel Wouda Países Bajos Países Bajos 54,38
200 m estilos (12.12)	Marcel Wouda Países Bajos Países Bajos 1:56,43	Jirka Letzin Alemania Alemania 1:58,26	Massimiliano Rosolino Italia Italia 1:58,57
400 m estilos (09.12)	Frederik Hviid España España 4:08,85	Jirka Letzin Alemania Alemania 4:09,85	Michael Halika Israel Israel 4:12,25
4 × 50 m libre (09.12)	Suecia Suecia Claes Andersson Lars Frölander Stefan Nystrand Daniel Carlsson 1:27,12	Alemania Alemania Mitja Zastrow Alexander Lüderitz Stephan Kunzelmann Kai Hanschmann 1:27,76	Países Bajos Países Bajos Dennis Rijnbeek Stefan Aartsen Marcel Wouda Pieter van den Hoogenband 1:27,95
4 × 50 m estilos (12.12)	Suecia Suecia Daniel Carlsson Patrik Isaksson Lars Frölander Stefan Nystrand 1:36,00	Alemania Alemania Sebastian Halgasch Mark Warnecke Thomas Rupprath Alexander Lüderitz 1:36,56	Reino Unido Reino Unido Neil Willey Darren Mew James Hickman Mark Foster 1:36,78

Evento
50 m libre (11.12)	Therese Alshammar Suecia Suecia 24,09 RM	Anna-Karin Kammerling Suecia Suecia Susan Rolph Reino Unido Reino Unido 24,90	—
100 m libre (10.12)	Therese Alshammar Suecia Suecia 52,80 RM	Susan Rolph Reino Unido Reino Unido 53,26	Sandra Völker Alemania Alemania 53,34
200 m libre (12.12)	Martina Moravcová Eslovaquia Eslovaquia 1:56,28	Josefin Lillhage Suecia Suecia 1:57,15	Natalia Baranovskaya Bielorrusia Bielorrusia 1:57,33
400 m libre (11.12)	Yana Klochkova Ucrania Ucrania 4:05,12	Natalia Baranovskaya Bielorrusia Bielorrusia 4:06,13	Silvia Szalai Alemania Alemania 4:06,48
800 m libre (10.12)	Yana Klochkova Ucrania Ucrania 8:22,37	Flavia Rigamonti Suiza Suiza 8:25,82	Jana Henke Alemania Alemania 8:28,09
50 m espalda (11.12)	Sandra Völker Alemania Alemania 27,31	Nina Zhivanevskaya España España 28,24	Antje Buschschulte Alemania Alemania 28,35
100 m espalda (10.12)	Nina Zhivanevskaya España España 59,87	Antje Buschschulte Alemania Alemania 1:00,08	Sarah Price Reino Unido Reino Unido 1:00,88
200 m espalda (12.12)	Antje Buschschulte Alemania Alemania 2:08,11	Nina Zhivanevskaya España España 2:09,47	Nicole Hetzer Alemania Alemania 2:09,62
50 m braza (09.12)	Zoe Baker Reino Unido Reino Unido 31,40	Ágnes Kovács Hungría Hungría 31,49	Janne Schäfer Alemania Alemania 31,95
100 m braza (12.12)	Brigitte Becue Bélgica Bélgica 1:08,15	Ágnes Kovács Hungría Hungría 1:08,30	Emma Igelström Suecia Suecia 1:08,74
200 m braza (10.12)	Anne Poleska Alemania Alemania 2:24,78	Ágnes Kovács Hungría Hungría 2:25,41	Brigitte Becue Bélgica Bélgica 2:26,82
50 m mariposa (10.12)	Anna-Karin Kammerling Suecia Suecia 25,64 RM	Johanna Sjöberg Suecia Suecia 26,42	Nicola Jackson Reino Unido Reino Unido 27,17
100 m mariposa (12.12)	Johanna Sjöberg Suecia Suecia 57,73	Mette Jacobsen Dinamarca Dinamarca 59,11	Sophia Skou Dinamarca Dinamarca 59,80
200 m mariposa (09.12)	Mette Jacobsen Dinamarca Dinamarca 2:06,87	Johanna Sjöberg Suecia Suecia 2:08,62	Sophia Skou Dinamarca Dinamarca 2:09,33
100 m estilos (11.12)	Martina Moravcová Eslovaquia Eslovaquia 1:00,78	Annika Mehlhorn Alemania Alemania 1:01,82	Nataša Kejžar Eslovenia Eslovenia 1:02,16
200 m estilos (12.12)	Yana Klochkova Ucrania Ucrania 2:09,08	Martina Moravcová Eslovaquia Eslovaquia 2:09,25	Susan Rolph Reino Unido Reino Unido 2:11,29
400 m estilos (09.12)	Yana Klochkova Ucrania Ucrania 4:34,07	Nicole Hetzer Alemania Alemania 4:37,47	Hana Černá República Checa República Checa 4:37,74
4 × 50 m libre (10.12)	Suecia Suecia Johanna Sjöberg Therese Alshammar Anna-Karin Kammerling Malin Svahnstrom 1:38,45 RM	Alemania Alemania Katrin Meißner Simone Osygus Sandra Völker Britta Steffen 1:39,21	Reino Unido Reino Unido Alison Sheppard Nicola Jackson Karen Pickering Susan Rolph 1:39,93
4 × 50 m estilos (12.12)	Suecia Suecia Therese Alshammar Emma Igelström Johanna Sjöberg Anna-Karin Kammerling 1:49,47	Alemania Alemania Sandra Völker Janne Schäffer Marietta Uhle Katrin Meißner 1:49,87	Reino Unido Reino Unido Katy Sexton Zoe Baker Nicola Jackson Susan Rolph 1:51,64

• RM – Récord mundial.

Núm.	País				Total
1	Suecia Suecia	10	6	1	17
2	Alemania Alemania	5	13	8	26
3	Ucrania Ucrania	5	1	3	8
4	Reino Unido Reino Unido	3	3	9	15
5	Países Bajos Países Bajos	3	1	2	6
6	España España	2	2	1	5
7	Croacia Croacia	2	1	0	3
7	Eslovaquia Eslovaquia	2	1	0	3
9	Islandia Islandia	2	0	0	2
10	Dinamarca Dinamarca	1	1	2	4
10	Italia Italia	1	1	2	4
12	Bélgica Bélgica	1	0	1	2
12	Rusia Rusia	1	0	1	2
14	Francia	1	0	0	1
15	Hungría Hungría	0	3	0	3
16	Bielorrusia Bielorrusia	0	1	1	2
16	Eslovenia Eslovenia	0	1	1	2
16	Portugal	0	1	1	2
16	Suiza Suiza	0	1	1	2
20	Turquía Turquía	0	1	0	1
21	Finlandia Finlandia	0	0	1	1
21	Israel Israel	0	0	1	1
21	República Checa República Checa	0	0	1	1
	TOTAL	39	38	37	114

• Resultados oficiales (en inglés)

Predecesor: Sheffield 1998 Reino Unido Reino Unido

Campeonato Europeo de Natación en Piscina Corta III edición

Sucesor: Valencia 2000 España España