El Campeonato Descentralizado 2006, la máxima categoría del fútbol peruano, tuvo como participantes a 12 equipos. Se inició el 3 de febrero y finalizó el 27 de diciembre. Otorgó 3 cupos para la Copa Libertadores 2007 y 2 para la Copa Sudamericana 2007. Se jugó en dos torneos, Apertura y Clausura, de dos ruedas cada uno, en la modalidad de "todos contra todos".
Alianza Lima se coronó campeón del Apertura, mientras que Cienciano hizo lo propio en el Clausura. Ambos equipo se enfrentaron a fin de año para definir al Campeón Nacional, resultando ganador el equipo aliancista, que de esta manera sumó su vigésimo segundo título.
Los dos peores equipos de la temporada, Unión Huaral y José Gálvez, descendieron a la Segunda División. Este último tuvo que enfrentarse en un partido extra al Sport Boys, ya que ambos finalizaron con igual cantidad de puntos en la penúltima ubicación. El equipo rosado ganó por penales, mandando al conjunto chimbotano a la Segunda División.
Hubo 2 Descensos en la Temporada 2005 y 1 Ascenso (1 Campeón de Copa Perú) en esta Temporada. Por lo que se Disminuyen de 13 a 12 equipos para este 2006.
El Torneo Apertura fue el primer torneo de la temporada 2006 del Campeonato Descentralizado de fútbol. Se inició el viernes 3 de febrero y finalizó el domingo 25 de junio. Se jugó con la modalidad "todos contra todos" en dos ruedas, resultando campeón Alianza Lima, equipo que, además, obtuvo un cupo para la Copa Libertadores del siguiente año.
Las filas corresponden a los encuentros de local de cada uno de los equipos, mientras que las columnas corresponden a los encuentros de visitante. Los resultados en color azul corresponden a victoria del equipo local, rojo a victoria visitante y blanco a empate.
El Torneo Clausura fue el segundo torneo de la temporada 2006 del Campeonato Descentralizado de fútbol. Al igual que el Apertura, se jugó con la modalidad "todos contra todos" en dos ruedas. Se inició el sábado 15 de julio y finalizó el miércoles 20 de diciembre con el play-off que disputaron Cienciano y Universitario, equipos que terminaron igualados en el primer puesto. El encuentro lo ganó el equipo cusqueño, que de esta forma obtuvo un cupo para la Copa Libertadores 2007 y el derecho a enfrentar al campeón del Apertura por el Título Nacional.
Muestra los puntos que obtuvo cada equipo a lo largo de la temporada (Apertura + Clausura). Sirve para determinar el descenso a Segunda División y la clasificación a torneos internacionales. Respecto a esto último, el equipo con mayor puntaje (sin contar a los campeones de cada torneo) obtiene un cupo para la Libertadores, mientras que los dos siguientes obtienen uno para la Sudamericana.
José Herrera Jair Céspedes Julio Landauri Juan Quiñónez Gianfranco Labarthe Milton Marquillo
Sergio Ibarra Cristian Ortiz Víctor Reyes Sebastián Domínguez Alexander Sánchez Armando Gonzales
Los equipos campeones de cada torneo se enfrentaron en partidos de ida y vuelta para definir al campeón de la temporada 2006.
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