Inicialmente el CSS Florida estuvo durante bastante tiempo bloqueado debido al bloqueo naval impuesto por la Unión en Mobile. Pero el 19 de octubre consiguió escapar de ese bloqueo.
Estuvo durante bastante tiempo desempeñando operaciones de apoyo a otros barcos. Durante este tiempo se le empezó a conocer en las filas confederadas como "el rebelde negro a vapor" (originalmente en inglés: "the black rebel steamer"), por ejemplo escoltando al CSS Pamlico.
CSS Selma
Fue renombrado como CSS Selma en julio de 1862, debido a la construcción del cruceroCSS Florida. El teniente Peter U. Murphey asumió el mando. El 5 de febrero de 1863 se hundió a una pequeña profundida debido a unas malas maniobras, pero el 13 de febrero ya estaba reparado.