El club Asociación Deportiva Agropecuaria fue fundado el 12 de mayo de 1953 en la ciudad de Jaén. Tuvo su origen en el colegio Alfonso Villanueva Pinillos, ex Agropecuario.
Llegó nuevamente a una Etapa Regional en la Copa Perú 2006. Formó parte del Grupo A de la Región II donde acabó en primer lugar delante de Carlos A. Mannucci y obtuvo el pase a la Etapa Nacional.[2] En esa fase fue eliminado por Corazón Micaelino tras perder 3-0 en Piura y obtener un empate 0-0 como local.[3]
En 2014 avanzó a la Etapa Departamental de tras lograr el título provincial de Jaén.[4] Junto a Deportivo Bellavista clasificó a la Etapa Regional de la Copa Perú 2014 donde fue parte del Grupo B de la Región II siendo eliminado tras los incidentes ocurridos en el partido ante Sport Chavelines.
En 2018 alcanzó la etapa Nacional al vencer en la semifinal departamental a Cultural Volante y obtuvo el subcampeonato departamental de Cajamarca detrás de Las Palmas.[5] En la etapa Nacional de la Copa Perú 2018 obtuvo el puesto 30 de la tabla general y no clasificó a la siguiente ronda.
2023: Campeón de la Copa Perú y primer ascenso al fútbol profesional
En 2023, en la gestión del presidente Rony Laván y bajo la mano del entrenador Roberto Arrelucea, llegaron hasta la instancia de cuartos de final de la Copa Perú, donde vencerían en tanda de penales al equipo ayacuchano Sport Cáceres, sellando de esa manera su ascenso a la Liga 2. Dicho ascenso fue celebrado en la ciudad de Jaén con caravanas y fiestas, pues marcó un hecho sin precedentes en la historia jaena. Posteriormente, en semifinales vencerían por 1-0 a la Universidad César Vallejo de Moquegua en un apasionante duelo disputado en el Estadio Iván Elías Moreno de Villa el Salvador. Finalmente, el 26 de noviembre del 2023, se consagrarían campeones por primera vez de la Copa Perú, venciendo 3-1 al FC San Marcos. Se convirtió junto a UTC, en los dos únicos equipos del departamento de Cajamarca que han logrado ser campeones de la Copa Perú. Ese mismo día, el Concejo Municipal de la ciudad de Jaén declaró al 27 de noviembre como el "Día de la Unidad del Pueblo de Jaén" en homenaje al esfuerzo del equipo.
2024-Act: Instancia en Liga 2
Siendo ahora un equipo de rango profesional, ADA Jaén debutaría en la Liga 2 de 2024 desde la Zona Norte con un empate 1-1 frente a Deportivo Llacuabamba, la primera victoria como equipo profesional llegaría en la Fecha 6 con un 4-2 contra Carlos Stein. Finalmente acabaría aquella etapa en la quinta posición con 15 puntos y 4 victorias, eso le basto para avanzar a la siguiente fase del campeonato desde el Grupo A, sin embargo en aquella etapa no lograría avanzar tras quedar en la penúltima posición de su grupo con apenas 11 puntos y 4 victorias, acabando su primera participación en Segunda División.