Al comienzo de la Guerra Civil, siendo comandante general del Arsenal y segundo jefe de la base naval de Ferrol, se mantuvo leal al gobierno de la República. Los militares sublevados le acusaron de ordenar abrir en secreto el arsenal a las masas marxistas para apoderarse de las armas y de los buques allà fondeados, motivo por el cual le formaron un Consejo de Guerra y lo ajusticiaron. Juzgado el 3 de agosto, el tribunal militar de los sublevados lo sentenció a muerte por «abandono de destino».[1]
Desde noviembre de 1934, era segundo jefe de la Base Naval de Ferrol y jefe de su Arsenal. Fue subsecretario del Ministerio de Marina y posteriormente ministro del mismo departamento en el gabinete presidido por Manuel Portela Valladares desde el 30 de diciembre de 1935 al 19 de febrero de 1936, el último antes de las elecciones de febrero de 1936. Durante su mandato ministerial se concibió el último Plan Naval (11 de enero de 1936) antes del estallido de la Guerra Civil, en el que se preveÃa la construcción de dos destructores, dos cañoneros y otros barcos menores.
El contralmirante Azarola declaró en el juicio que no podÃa quebrantar sus principios militares:
...consideraciones de carácter militar me impedÃan en absoluto el sumarme a un acto que consideraba sedicioso.
Fue fusilado a las seis de la mañana del 4 de agosto, en el cuartel de Dolores. Sus restos se encuentran enterrados en el cementerio de VillagarcÃa de Arosa.
El contraalmirante Azarola tuvo un hijo, Antonio Azarola Fernández de Celis, que al igual que su padre eligió la carrera militar en la Marina de Guerra. Su sobrina Amelia Azarola EchevarrÃa —hija del ingeniero y polÃtico radical-socialista navarro Emilio Azarola Gresillón (alcalde de Santesteban)— estaba casada con el aviador falangistaJulio Ruiz de Alda, que serÃa asesinado en la Cárcel Modelo de Madrid el 23 de agosto de 1936.
El libro «Muertes Paralelas. El destino trágico de los prohombres de la República», de Marcelino Laruelo Roa, describe las biografÃas de varias personalidades republicanas que perecieron vÃctimas de la represión en la zona franquista, entre las que se halla el contralmirante Azarola.
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