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	IX A Lyga; Lituania 1998-1999
Fecha	10 de julio de 1998; 1 de junio de 1999
Cantidad de equipos	13
Podio ; • Campeón; • Subcampeón; • Tercer lugar; • Cuarto lugar	; FK Zalgiris; Kareda Siauliai; FBK Kaunas; FK Ekranas

La A Lyga 1998-99 fue la novena edición del torneo de fútbol más importante de Lituania que se jugó del 10 de julio de 1998 al 1 de junio de 1999 y que contó con la participación de 13 equipos.

El FK Zalgiris ganó su tercer título de liga.

Clasificación

Pos.	Equipo	Pts.	PJ	G	E	P	GF	GC	Dif.	Clasificación o descenso
1	Žalgiris (C)	59	23	18	5	0	68	8	+60	Primera Ronca Clasificatoria Champions League
2	Kareda Šiauliai	58	23	18	4	1	67	11	+56	Ronda Clasificatoria UEFA Cup
3	FBK Kaunas	57	23	18	3	2	57	14	+43	Ronda Clasificatoria UEFA Cup
4	Ekranas	41	23	12	5	6	45	20	+25	Primera Ronda Intertoto Cup
5	Inkaras	37	23	11	4	8	34	27	+7
6	Atlantas	28	23	8	4	11	34	33	+1
7	Banga	26	23	7	5	11	18	30	−12
8	Nevėžis	25	23	7	4	12	17	36	−19
9	Dainava	25	23	8	1	14	24	53	−29
10	Žalgiris-2^[a] (D)	21	23	6	3	14	25	60	−35	Desciende a la 1 Lyga
11	Jėgeriai^[b] (D)	20	23	6	2	15	22	48	−26	Desciende a la 1 Lyga
12	Lokomotyvas^[c] (D)	12	23	4	0	19	12	47	−35	Playoff de Descenso
13	Mastis (D)	3	12	1	0	11	4	40	−36	Abandonó y descendió^[d]

Fuente: RSSSF.com

(C) Campeón; (D) Descendido.

Notas:

↑ Žalgiris-2 fue descendido por las nuevas regulaciones de la LFF debido a que es equipo filial del Žalgiris.
↑ Jėgeriai fue descendido por las nueva regulaciones de la LFF debido a que es equipo filial del FBK Kaunas.
↑ Lokomotyvas ganó el play-off de descenso, pero después abandonó la liga y fue disuelto.
↑ Mastis abandonó la liga tras 12 jornadas.

Resultados

Local \ Visitante	ATL	BAN	DAI	EKR	FBK	INK	JĖG	KAR	LOK	MAS	NEV	ŽAL	ŽL2
Atlantas		0–1	1–3	1–1	1–2	3–1	7–1	0–3	3–1		0–1	1–2	2–0
Banga	0–0		2–0	0–2	2–1	0–0	1–2	1–2	2–0	3–1	2–1	1–3	1–1
Dainava	2–1	0–0		0–5	0–1	1–2	0–1	0–2	2–0		2–3	1–3	2–1
Ekranas	0–0	4–0	3–1		1–2	2–0	1–0	2–2	2–1		2–2	-:+	4–0
FBK Kaunas	1–0	1–0	12–0	2–1		4–2	3–0	1–1	2–0		3–0	1–1	5–1
Inkaras	2–1	2–0	2–1	0–3	0–2		0–0	1–3	2–0	5–1	3–0	0–2	3–0
Jėgeriai	1–3	0–0	2–3	1–2	0–5	0–4		1–2	3–1	3–0	2–1	0–1	0–2
Kareda Šiauliai	6–0	5–1	3–0	1–1	2–0	2–1	4–0		7–0	9–0	2–0	0–0	3–1
Lokomotyvas	1–5	0–1	0–2	0–1	1–2	0–1	1–0	0–1		1–0	0–1	0–1	0–3
Mastis	0–1		0–1	0–8	0–1							0–6	2–1
Nevėžis	0–2	1–0	0–1	1–0	0–2	0–0	2–1	0–3	1–2	1–0		1–1	0–0
Žalgiris	2–0	3–0	5–0	3–0	1–1	1–1	3–0	1–0	5–1		6–0		8–0
Žalgiris-2	2–2	1–0	4–2	3–0	0–3	1–2	2–4	0–4	0–2		2–1	0–10

Actualizado a los partidos jugados el complete. Fuente:
Colores: Azul = victoria del equipo local; Amarillo = empate; Rojo = victoria del equipo visitante.