Fassin's research focuses on contemporary sexual and racial politics in France and the United States and their intersections (in particular, concerning immigration issues in Europe) in a comparative perspective. He is author of L'inversion de la question homosexuelle (2005), Droit conjugal et unions de même sexe: mariage, partenariat et concubinage dans neuf pays européens (with Kees Waaldijk, 2008) and Le sexe politique: Genre et sexualité au miroir transatlantique (2009).
Liberté, égalité, sexualités : Actualité politique des questions sexuelles with Clarisse Fabre, published by Belfond in 2004.
L'inversion de la question homosexuelle (The Inversion of the Homosexual Question), published by Éditions Amsterdam in 2005.
De la question sociale à la question raciale ? (From the Social Question to the Racial Question?) with Didier Fassin, published by La Découverte in 2006.
Éric Fassin; Carine Fouteau; Serge Guichard; Aurélie Windels (2014), Roms & riverains, Une politique municipale de la race (in French), La Fabrique, ISBN978-2-35872-057-1