Συνολικά, πραγματοποίησε τρεις συμμετοχές με την Εθνική Μεξικού U20 κατά τη διάρκεια του Παγκοσμίου Κυπέλλου U20 του 1979[6]. Στη συνέχεια, ο Χαβιέρ υπήρξε βασικό στέλεχος της Εθνικής Μεξικού, ενώ, παράλληλα, ήταν μέλος της ομάδας η οποία έφθασε ως την προημιτελική φάση του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 1986, το οποίο έλαβε χώρα στο Μεξικό, καθώς και της γενιάς η οποία υπέστη ποινή αποκλεισμού από το Παγκόσμιο Κύπελλο του 1990, λόγω της χρησιμοποίησης παικτών μεγαλύτερης ηλικίας κατά τη διάρκεια του Παγκοσμίου Κυπέλλου U20[3][7].
Προπονητής
Μετά το πέρας της αγωνιστικής του καριέρας, ο Ερνάντες διετέλεσε, για ορισμένο χρονικό διάστημα, προπονητής της δεύτερης ομάδας του συλλόγου της γενέτειράς του, Τσίβας δε Γουαδαλαχάρα. Αιτήθηκε άδεια προσωρινής αναστολής των καθηκόντων του προκειμένου να μπορέσει να παρακολουθήσει από κοντά τον υιό του, Χαβιέρ Ερνάντες Μπαλκάσαρ, να αγωνίζεται στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 2010, το οποίο έλαβε χώρα στη Νότια Αφρική. Καθώς το συγκεκριμένο αίτημά του δεν έγινε αποδεκτό, ο ίδιος αποφάσισε, τότε, να παραιτηθεί των καθηκόντων του ως προπονητής της δεύτερης ομάδας του συλλόγου της Γουαδαλαχάρα, προκειμένου να μπορέσει να παρακολουθήσει από κοντά τον υιό του να αγωνίζεται[8][9].
↑(Αγγλικά) Berkeley, G.· Tuck, J. (8 Απριλίου 2010). «Get to know... Javier Hernandez». ManUtd.com. Manchester United. Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 11 Απριλίου 2010. Ανακτήθηκε στις 20 Ιουνίου 2011.
↑(Γαλλικά) «Javier HERNANDEZ». FIFA.com. Fédération Internationale de Football Association. Αρχειοθετήθηκε από το πρωτότυπο στις 29 Ιουνίου 2008. Ανακτήθηκε στις 20 Ιουνίου 2011.