Γεννήθηκε το 1548 στο παλάτι της Μανίσας όταν ο πατέρας της ήταν ακόμη διάδοχος και ήταν η μικρότερη κόρη του Σουλτάνου Σελίμ Β' και της Νουρμπανού Σουλτάν και το τελευταίο παιδί του Σελίμ που γεννήθηκε πριν από την προσχώρηση του στον θρόνο.
Παντρεύτηκε τον Κανιζελί Σιγιαβούς Πασά το 1572. Πέθανε το 1580 στην Κωνσταντινούπολη σε ηλικία 32 ετών. Η ζωή της Φατμά Σουλτάν μετά τον γάμο της είναι άγνωστη. Από τον γάμο αυτό προέκυψαν τέσσερις γιοί και μία κόρη.
Yavuz Bahadıroğlu, Resimli Osmanlı Tarihi, Nesil Yayınları (Ottoman History with Illustrations, Nesil Publications), 15th Ed., 2009, ISBN 978-975-269-299-2 (Hardcover)