1Η Δ΄ κατηγορία ήταν χωρισμένη σε τρεις ομίλους. Η ΣΕΚ συμμετείχε στον όμιλο Λεμεσού-Πάφου.
Δεκαετία 2000-2009
Την περίοδο 2001-02 κατέκτησε το πρωτάθλημα Γ΄ κατηγορίας και προβιβάστηκε στη Β΄ κατηγορία.[8] Στην πρώτη συμμετοχή της στο πρωτάθλημα Β΄ κατηγορίας, την περίοδο 2002-03, τερμάτισε στη 10 θέση, την υψηλότερη της ιστορίας της.[9] Την επόμενη περίοδο τερμάτισε στη 13η θέση και υποβιβάστηκε στη Γ΄ κατηγορία.[10] Την περίοδο 2004-05 κατέκτησε το πρωτάθλημα Γ΄ κατηγορίας και προβιβάστηκε στη Β΄ κατηγορία.[11]
Ακολούθησαν 3 συνεχόμενοι υποβιβασμοί. Την περίοδο 2005-06 τερμάτισε στην τελευταία θέση του πρωταθλήματος Β΄ κατηγορίας και υποβιβάστηκε στη Γ΄ κατηγορία.[12] Την περίοδο 2006-07 τερμάτισε στην τελευταία θέση του πρωταθλήματος Γ΄ κατηγορίας και υποβιβάστηκε στη Δ΄ κατηγορία.[13] Την περίοδο 2007-08 τερμάτισε στην προτελευταία θέση του πρωταθλήματος Δ΄ κατηγορίας και υποβιβάστηκε στα αγροτικά πρωταθλήματα.[14] Από το 2008 συμμετέχει στις διοργανώσεις της ΠΑΑΟΚ.