Κατά την εναρκτήρια ομιλία του, στις 28 Ιουνίου, ο Ιννοκέντιος Δ΄ παρουσίασε τις πέντε πληγές της Εκκλησίας και τις συνέκρινε με τις δικές του πέντε θλίψεις: (1) την κακή συμπεριφορά τόσο των κληρικών όσο και των λαϊκών, (2) την αυθάδεια των Σαρακηνών που κατέλαβαν τους Αγίους Τόπους, (3) το Μεγάλο Σχίσμα Ανατολής-Δύσης, (4) τις σκληρότητες των Τατάρων στην Ουγγαρία και (5) τον διωγμό της Εκκλησίας από τον Αυτοκράτορα Φρειδερίκο.[7][8]
Στη δεύτερη συνεδρίαση στις 5 Ιουλίου, ο επίσκοπος του Κάλβι και ένας Ισπανός αρχιεπίσκοπος κατηγόρησαν τη συμπεριφορά του Αυτοκράτορα και σε μια επόμενη συνεδρίαση στις 17 Ιουλίου, ο Ιννοκέντιος εξήγγειλε την εκθρόνιση του Φρειδερίκου. Την εκθρόνιση υπέγραψαν εκατό πενήντα επίσκοποι και η ευθύνη της έκδοσής της δόθηκε στους Δομινικανούς και τους Φραγκισκανούς. Ωστόσο, ο Ιννοκέντιος δεν διέθετε τα υλικά μέσα για να επιβάλει το διάταγμα αυτό.
Η Σύνοδος της Λυών εξέδωσε και κάποια άλλα καθαρά πειθαρχικά μέτρα:
Αποφάσισε ότι όλοι οι καρδινάλιοι θα φοράνε στο εξής ένα κόκκινο καπέλο (γαλέρο)[9]
Προετοίμασε τριάντα οκτώ νομοσχέδια τα οποία αργότερα χρησιμοποιήθηκαν από τον Πάπα Βονιφάτιο Η΄ στα Δεκρετάλιά του, με σημαντικότερο εκείνο το οποίο όριζε μια ειδική τριετή εισφορά για την ανακούφιση των Αγίων Τόπων.[10]
Dondorp, Hary· Schrage, Eltjo J.H. (2010). «The Sources of Medieval Learned Law». Στο: Cairns, John W.· du Plessis, Paul J., επιμ. The Creation of the Ius Commune: From Casus to Regula. 7. Edinburgh University Press.
Martínez, H. Salvador (2010). Alfonso X, the Learned. Μτφρ. Cisneros, Odile. Brill.
Richardson, Carole M. (2019). «The Cardinal's Wardrobe». Στο: Hollingsworth, Mary· Pattenden, Miles· Witte, Arnold, επιμ. A Companion to the Early Modern Cardinal. Brill. σελ. 535-556.