Το Κύπελλο Κύπρου 1945-46 ήταν η 9η έκδοση του Κυπέλλου Κύπρου. Συμμετείχαν οι ομάδες της Α΄ κατηγορίας 1945-46. Νικήτρια ήταν η ΕΠΑ για δεύτερη φορά στην ιστορία της.
Σύστημα διεξαγωγής
Στο κύπελλο Κύπρου 1945-46 συμμετείχαν οι 6 ομάδες του πρωταθλήματος Α΄ κατηγορίας 1945-46. Διεξήχθη σε 3 γύρους με το σύστημα νοκ-άουτ. Οι αγώνες ήταν μονοί και διεξάγονταν στην έδρα της ομάδας που είχε κληρωθεί ως γηπεδούχος. Σε περίπτωση ισοπαλίας διεξαγόταν επαναληπτικός στην έδρα της άλλης ομάδας.[1]
Στον τελικό προκρίθηκαν η ΕΠΑ και ο ΑΠΟΕΛ. Ο τελικός διεξήχθη στις 14 Απριλίου 1946 στο Παλιό Γ.Σ.Π. (το οποίο ήταν και έδρα του ΑΠΟΕΛ) στη Λευκωσία. Νικήτρια ήταν η ΕΠΑ με σκορ 2-1.[2]
Από το 1941 έως το 1944 δε διεξήχθη κύπελλο εξαιτίας του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου. Το διάστημα 1956-1958 και 1960-1961 το κύπελλο δεν διεξήχθη λόγω της έκρυθμης κατάστασης στην Κύπρο ως αποτέλεσμα του αγώνα της ΕΟΚΑ. Την περίοδο 2019-20 το κύπελλο διακόπηκε λόγω της Πανδημίας του κορονοϊού.