Η Κομητεία Σαν Χουάν (αγγλικά: San Juan County) είναι κομητεία στην πολιτεία της Γιούτα των Ηνωμένων Πολιτειών Αμερικής. Κατά την απογραφή του 2020, ο πληθυσμός ήταν 14.518 κάτοικοι. [2] Έδρα της κομητείας του είναι το Μοντιτσέλο, [3] ενώ η πολυπληθέστερη πόλη του είναι το Μπλάντινγκ. Το νομοθετικό σώμα της Πολιτείας της Γιούτα ονόμασε την κομητεία από τον ποταμό Σαν Χουάν, ο οποίος ονομάστηκε από Ισπανούς εξερευνητές (προς τιμήν του Αγίου Ιωάννη).
Το έδαφος γενικά έχει κλίση προς τα δυτικά και τα νότια, με το υψηλότερο σημείο του, το όρος Πηλ, να είναι στα 3879 μέτρα πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας. [4] Η κομητεία έχει συνολική έκταση 20,550 τ.χλμ, εκ των οποίων 20,300 τ.χλμ είναι ξηρά και 290 τ.χλμ (1,4%) είναι νερό. [5] Είναι η μεγαλύτερη κομητεία ανά περιοχή στη Γιούτα.
